玄伪上表求归籓，又自作诏留之，遣使宣旨，玄又上表固请，又讽天子作手诏 固留焉。玄好逞伪辞，尘秽简牍，皆此类也。谓代谢之际宜有祯祥，乃密令所在上 临平湖开除清朗，使众官集贺。矫诏曰：“灵瑞之事非所敢闻也。斯诚相国至德， 故事为之应。太平之化，于是乎始，六合同悦，情何可言！”又诈云江州甘露降王 成基家竹上。玄以历代咸有肥遁之士，而己世独无，乃征皇甫谧六世孙希之为著作， 并给其资用，皆令让而不受，号曰高士，时人名为“充隐”。议复肉刑，断钱货， 回复改异，造革纷纭，志无一定，条制森然，动害政理。性贪鄙，好奇异，尤爱宝 物，珠玉不离于手。人士有法书好画及佳园宅者，悉欲归己，犹难逼夺之，皆蒱博 而取。遣臣佐四出，掘果移竹，不远数千里，百姓佳果美竹无复遗余。信悦谄誉， 逆忤谠言，或夺其所憎与其所爱。
十一月，玄矫制加其冕十有二旒，建天子旌旗，出警入跸，乘金根车，驾六马， 备五时副车，置旄头云罕，乐儛八佾，设钟虡宫县，妃为王后，世子为太子，其女 及孙爵命之号皆如旧制。玄乃多斥朝臣为太宰僚佐，又矫诏使王谧兼太保，领司徒， 奉皇帝玺禅位于己。又讽帝以禅位告庙，出居永安宫，移晋神主于琅邪庙。
初，玄恐帝不肯为手诏，又虑玺不可得，逼临川王宝请帝自为手诏，因夺取玺。 比临轩，玺已久出，玄甚喜。百官到姑孰劝玄僭伪位，玄伪让，朝臣固请，玄乃于 城南七里立郊，登坛篡位，以玄牡告天，百僚陪列，而仪注不备，忘称万岁，又不 易帝讳。榜为文告天皇后帝云：“晋帝钦若景运，敬顺明命，以命于玄。夫天工人 代，帝王所以兴，匪君莫治，惟德司其元，故承天理物，必由一统。并圣不可以二 君，非贤不可以无主，故世换五帝，鼎迁三代。爰暨汉魏，咸归勋烈。晋自中叶， 仍世多故，海西之乱，皇祚殆移，九代廓宁之功，升明黜陟之勋，微禹之德，左衽 将及。太元之末，君子道消，积衅基乱。钟于隆安，祸延士庶，理绝人伦。玄虽身 在草泽，见弃时班，义情理感，胡能无慨！投袂克清之劳，阿衡拨乱之绩，皆仰凭 先德遗爱之利，玄何功焉！属当理运之会，猥集乐推之数，以寡昧之身踵下武之重， 膺革泰之始，托王公之上，诚仰藉洪基，德渐有由。夕惕祗怀，罔知攸厝。君位不 可以久虚，人神不可以乏飨，是用敢不奉以钦恭大礼，敬简良辰，升坛受禅，告类 上帝，以永绥众望，式孚万邦，惟明灵是飨。”乃下书曰：“夫三才相资，天人所 以成功，理由一统，贞夫所以司契，帝王之兴，其源深矣。自三五已降，世代参差， 虽所由或殊，其归一也。朕皇考宣武王圣德高邈，诞启洪基，景命攸归，理贯自昔。 中间屯险，弗克负荷，仰瞻宏业，殆若缀旒。藉否终之运，遇时来之会，用获除奸 救溺，拯拔人伦。晋氏以多难荐臻，历数唯既，典章唐虞之准，述遵汉魏之则，用 集天禄于朕躬。惟德不敏，辞不获命，稽若令典，遂升坛燎于南郊，受终于文祖。 思覃斯庆，愿与亿兆聿兹更始。”于是大赦，改元永始，赐天下爵二级，孝悌力田 人三级，鳏寡孤独不能自存者谷人五斛。其赏赐之制，徒设空文，无其实也。初出 伪诏，改年为建始，右丞王悠之曰：“建始，赵王伦伪号也。”又改为永始，复是 王莽始执权之岁，其兆号不祥，冥符僭逆如此。又下书曰：“夫三恪作宾，有自来 矣。爰暨汉魏，咸建疆宇。晋氏钦若历数，禅位于朕躬，宜则是古训，授兹茅土。 以南康之平固县奉晋帝为平固王，车旗正朔一如旧典。”迁帝居寻阳，即陈留王处 鄴宫故事。降永安皇后为零陵君，琅邪王为石阳县公，武陵王遵为彭泽县侯。追尊 其父温宣武皇帝，庙称太庙，南康公主为宣皇后。封子升为豫章郡王，叔父云孙放 之为宁都县王，豁孙稚玉为临沅县王，豁次子石康为右将军、武陵郡王，秘子蔚为 醴陵县王，赠冲太传、宣城郡王，加殊礼，依晋安平王故事，以孙胤袭爵，为吏部 尚书，冲次子谦为扬州刺史、新安郡王，谦弟脩为抚军大将军、安成郡王，兄歆临 贺县王，祎富阳县王，赠伟侍中、大将军、义兴郡王，以子浚袭爵，为辅国将军， 浚弟邈西昌县王。封王谧为武昌公，班剑二十人，卞范之为临汝公，殷仲文为东兴 公，冯该为鱼复侯。又降始安郡公为县公，长沙为临湘县公，卢陵为巴丘县公，各 千户。其康乐、武昌、南昌、望蔡、建兴、永脩、观阳皆降封百户，公侯之号如故。 又普进诸征镇军号各有差。以相国左长史王绥为中书令。崇桓谦母庾氏为宣城太妃， 加殊礼，给以辇乘。号温墓曰永崇陵，置守卫四十人。
玄入建康宫，逆风迅激，旍旗仪饰皆倾偃。及小会于西堂，设妓乐，殿上施绛 绫帐，缕黄金为颜，四角作金龙，头衔五色羽葆旒苏，群臣窃相谓曰：“此颇似輀 车，亦王莽仙盖之流也。龙角，所谓亢龙有悔者也。”又造金根车，驾六马。是月， 玄临听讼观阅囚徒，罪无轻重，多被原放。有干舆乞者，时或恤之。其好行小惠如 此。自以水德，壬辰，腊于祖。改尚书都官郎为贼曹，又增置五校、三将及强弩、 积射武卫官。元兴三年，玄之永始二年也，尚书答“春蒐”字误为“春菟”，凡所 关署皆被降黜。玄大纲不理，而纠摘纤微，皆此类也。以其妻刘氏为皇后，将修殿 宇，乃移入东宫。又开东掖、平昌、广莫及宫殿诸门，皆为三道。更造大辇，容三 千人坐，以二百人舁之。性好畋游，以体大不堪乘马，又作徘徊舆，施转关，令回 动无滞。既不追尊祖曾，疑其礼义，问于群臣。散骑常侍徐广据晋典宜追立七庙， 又敬其父则子悦，位弥高者情理得申，道愈广者纳敬必普也。玄曰：“《礼》云三 昭、三穆，与太祖为七，然则太祖必居庙之主也，昭穆皆自下之称，则非逆数可知 也。礼，太祖东向，左昭右穆。如晋室之庙，则宣帝在昭穆之列，不得在太祖之位。 昭穆既错，太祖无寄，失之远矣。”玄曾祖以上名位不显，故不欲序列，且以王莽 九庙见讥于前史，遂以一庙矫之，郊庙斋二日而已。秘书监卞承之曰：“祭不及祖， 知楚德之不长也。”又毁晋小庙以广台榭。其庶母蒸尝，靡有定所，忌日见宾客游 宴，唯至亡时一哭而已。期服之内，不废音乐。玄出游水门，飘风飞其仪盖。夜， 涛水入石头，大桁流坏，杀人甚多。大风吹硃雀门楼，上层坠地。
玄自篡盗之后，骄奢荒侈，游猎无度，以夜继昼。兄伟葬日，旦哭晚游，或一 日之中屡出驰骋。性又急暴，呼召严速，直官咸系马省前，禁内哗杂，无复朝廷之 体。于是百姓疲苦，朝野劳瘁，怨怒思乱者十室八九焉。于是刘裕、刘毅、何无忌 等共谋兴复。裕等斩桓脩于京口，斩桓弘于广陵，河内太守辛扈兴、弘农太守王元 德、振威将军童厚之、竟陵太守刘迈谋为内应。至期，裕遣周安穆报之，而迈惶遽， 遂以告玄。玄震骇，即杀扈兴等，安穆驰去得免。封迈重安侯，一宿又杀之。
裕率义军至竹里，玄移还上宫，百僚步从，召侍官皆入止省中。赦扬、豫、徐、 兗、青、冀六州，加桓谦征讨都督、假节，以殷仲文代桓脩，遣顿丘太守吴甫之、 右卫将军皇甫敷北距义军。裕等于江乘与战，临阵斩甫之，进至罗落桥，与敷战， 复枭其首。玄闻之大惧，乃召诸道术人推算数为厌胜之法，乃问众曰：“朕其败乎？” 曹靖之对曰：“神怒人怨，臣实惧焉。”玄曰：“人或可怨，神何为怒？”对曰： “移晋宗庙，飘泊失所，大楚之祭，不及于祖，此其所以怒也。”玄曰：“卿何不 谏？”对曰：“辇上诸君子皆以为尧舜之世，臣何敢言！”玄愈忿惧，使桓谦、何 澹之屯东陵，卞范之屯覆舟山西，众合二万，以距义军。裕至蒋山，使羸弱贯油帔 登山，分张旗帜，数道并前。玄侦侯还云：“裕军四塞，不知多少。”玄益忧惶， 遣武卫将军庾颐之配以精卒，副援诸军。于时东北风急，义军放火，烟尘张天，鼓 噪之音震骇京邑。刘裕执钺麾而进，谦等诸军一时奔溃。玄率亲信数千人声言赴战， 遂将其子升、兄子浚出南掖门，西至石头，使殷仲文具船，相与南奔。
初，玄在姑孰，将相星屡有变；篡位之夕，月及太白，又入羽林，玄甚恶之。 及败走，腹心劝其战，玄不暇答，直以策指天。而经日不得食，左右进以粗饭，咽 不能下。升时年数岁，抱玄胸而抚之，玄悲不自胜。
刘裕以武陵王遵摄万机，立行台，总百官。遣刘毅、刘道规蹑玄，诛玄诸兄子 及石康兄权、振兄洪等。
玄至寻阳，江州刺史郭昶之给其器用兵力。殷仲文自后至，望见玄舟，旌旗舆 服备帝者之仪，叹息曰：“败中复振，故可也。”玄于是逼乘舆西上。桓歆聚党向 历阳，宣城内史诸葛长民击破之。玄于道作起居注，叙其距义军之事，自谓经略指 授，算无遗策，诸将违节度，以致亏丧，非战之罪。于是不遑与群下谋议，唯耽思 诵述，宣示远近。玄至江陵，石康纳之，张幔屋于城南，署置百官，以卞范之为尚 书仆射，其余职多用轻资。于是大修舟师，曾未三旬，众且二万，楼船器械甚盛。 谓其群党曰：“卿等并清涂翼从朕躬，都下窃位者方应谢罪军门，其观卿等入石头， 无异云霄中人也。”
玄以奔败之后，惧法令不肃，遂轻怒妄杀，人多离怨。殷仲文谏曰：“陛下少 播英誉，远近所服，遂扫平荆雍，一匡京室，声被八荒矣。既据有极位，而遇此圮 运，非为威不足也。百姓喁喁，想望皇泽，宜弘仁风，以收物情。”玄怒曰：“汉 高、魏武几遇败，但诸将失利耳！以天文恶，故还都旧楚，而群小愚惑，妄生是非， 方当纠之以猛，未宜施之以恩也。”玄左右称玄为“桓诏”，桓胤谏曰：“诏者， 施于辞令，不以为称谓也。汉魏之主皆无此言，唯闻北虏以苻坚为‘苻诏’耳。愿 陛下稽古帝则，令万世可法。”玄曰：“此事已行，今宣敕罢之，更为不祥。必其 宜革，可待事平也。”荆州郡守以玄播越，或遣使通表，有匪宁之辞，玄悉不受， 仍乃更令所在表贺迁都。
玄遣游击将军何澹之、武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭就郭铨以数千人守湓 口。又遣辅国将军桓振往义阳聚众，至弋阳，为龙骧将军胡譁所破，振单骑走还。 何无忌、刘道规等破郭铨、何澹之、郭昶之于桑落洲，进师寻阳。玄率舟舰二百发 江陵，使苻宏、羊僧寿为前锋。以鄱阳太守徐放为散骑常侍，欲遣说解义军，谓放 曰：“诸人不识天命，致此妄作，遂惧祸屯结，不能自反。卿三州所信，可明示朕 心，若退军散甲，当与之更始，各授位任，令不失分。江水在此，朕不食言。”放 对曰：“刘裕为唱端之主，刘毅兄为陛下所诛，并不可说也。辄当申圣旨于何无忌。” 玄曰：“卿使若有功，当以吴兴相叙。”放遂受使，入无忌军。
魏咏之破桓歆于历阳，诸葛长民又败歆于芍陂，歆单马渡淮。毅率道规及下邳 太守孟怀玉与玄战于峥嵘洲。于时义军数千，玄兵甚盛，而玄惧有败衄，常漾轻舸 于舫侧，故其众莫有斗心。义军乘风纵火，尽锐争先，玄众大溃，烧辎重夜遁，郭 铨归降。玄故将刘统、冯稚等聚党四百人，袭破寻阳城，毅遣建威将军刘怀肃讨平 之。玄留永安皇后及皇后于巴陵。殷仲文时在玄舰，求出别船收集散军，因叛玄， 奉二后奔于夏口。玄入江陵城，冯该劝使更下战，玄不从，欲出汉川，投梁州刺史 桓希，而人情乖阻，制令不行。玄乘马出城，至门，左右于暗中斫之，不中，前后 相杀交横，玄仅得至船。于是荆州别驾王康产奉帝入南郡府舍，太守王腾之率文武 营卫。
时益州刺史毛璩使其从孙祐之、参军费恬送弟璠丧葬江陵，有众二百，璩弟子 脩之为玄屯骑校尉，诱玄以入蜀，玄从之。达枚回洲，恬与祐之迎击玄，矢下如雨。 玄嬖人丁仙期、万盖等以身敝玄，并中数十箭而死。玄被箭，其子升辄拔去之。益 州督护冯迁抽刀而前，玄拔头上玉导与之，仍曰：“是何人邪？敢杀天子！”迁曰： “欲杀天子之贼耳。”遂斩之，时年三十六。又斩石康及浚等五级，庾颐之战死。 升云：“我是豫章王，诸君勿见杀。”送至江陵市斩之。
初，玄在宫中，恆觉不安，若为鬼神所扰，语其所亲云：“恐己当死，故与时 竞。”元兴中，衡阳有雌鸡化为雄，八十日而冠萎。及玄建国于楚，衡阳属焉，自 篡盗至败，时凡八旬矣。其时有童谣云：“长干巷，巷长干，今年杀郎君，后年斩 诸桓。”其凶兆符会如此。郎君，谓元显也。
是月，王腾之奉帝入居太府。桓谦亦聚众沮中，为玄举哀，立丧庭，伪谥为武 悼皇帝。毅等传送玄首，枭于大桁，百姓观者莫不欣幸。
何无忌等攻桓谦于马头，桓蔚于龙洲，皆破之。义军乘胜竞进，振、该等距战 于灵溪，道规等败绩，死没者千余人。义军退次寻阳，更缮舟甲。毛璩自领梁州， 遣将攻汉中，杀桓希。江夏相张暢之、高平太守刘怀肃攻何澹之于西塞矶，破之。 振遣桓蔚代王旷守襄阳。道规进讨武昌，破伪太守王旻。魏咏之、刘籓破桓石绥于 白茅。义军发寻阳。桓亮自号江州刺史，侵豫章，江州刺史刘敬宣讨走之。义军进 次夏口。伪镇东将军冯该等守夏口，扬武将军孟山图据鲁城，辅国将军桓山客守偃 月垒。刘毅攻鲁城，道规攻偃月垒，无忌与檀祗列舰中流，以防越逸。义军腾赴， 叫声动山谷，自辰及午，二城俱溃，冯该散走，生擒山客。毅等平巴陵。毛璩遣涪 陵太守文处茂东下，振遣桓放之为益州，屯夷陵，处茂距战，放之败走，还江陵。
义熙元年正月，南阳太守鲁宗之起义兵袭襄阳，破伪雍州刺史桓蔚。无忌诸军 次江陵之马头，振拥帝出营江津。鲁宗之率众于柞溪，破伪武贲中郎温楷，进至纪 南。振自击宗之，宗之失利。时蜀军据灵溪，毅率无忌、道规等破冯该军，推锋而 前，即平江陵。振见火起，知城已陷，乃与谦等北走。是日，安帝反正。大赦天下， 唯逆党就戮，诏特免桓胤一人。桓亮自豫章，自号镇南将军、湘州刺史。苻宏寇安 成、庐陵，刘敬宣遣将讨之，宏走入湘中。二月，桓谦、何澹之、温楷等奔于姚兴。 桓振与宏出自涢城，袭破江陵，刘怀肃自云杜伐振等，破之。广武将军唐兴斩振及 伪辅国将军桓珍，毅于临鄣斩伪零陵太守刘叔祖。桓亮、苻宏复出冠湘中，害郡守 长吏，檀祗讨宏于湘东，斩之，广武将军郭弥斩亮于益阳，其余拥众假号皆讨平之。 诏徙桓胤及诸党与于新安诸郡。
三年，东阳太守殷仲文与永嘉太守骆球谋反，欲建桓胤为嗣，曹靖之、桓石松、 卞承之、刘延祖等潜相交结，刘裕以次收斩之，并诛其家属。后桓谦走入蜀，蜀贼 谯纵以谦为荆州刺史，使率兵而下，荆楚之众多应之。谦至枝江，荆州刺史刘道规 斩之，梁州刺史傅歆又斩桓石绥，桓氏遂灭。