五月丁巳，帝崩于显阳殿，时年十九。葬永平陵，庙号孝宗。
哀皇帝讳丕，字千龄，成帝长子也。咸康八年，封为琅邪王。永和元年拜散骑常侍，十二年加中军将军，升平三年除骠骑将军。五年五月丁巳，穆帝崩。皇太后令曰：“帝奄不救疾，胤嗣未建。琅邪王丕，中兴正统，明德懋亲。昔在咸康，属当储贰。以年在幼冲，未堪国难，故显宗高让。今义望情地，莫与为比，其以王奉大统。”于是百官备法驾，迎于琅邪第。庚申，即皇帝位，大赦。壬戌，诏曰：“朕获承明命，入纂大统。顾惟先王宗庙，蒸尝无主，太妃丧庭，廓然靡寄，悲痛感摧，五内抽割。宗国之尊，情礼兼隆，胤嗣之重，义无与二。东海王奕，戚属亲近，宜奉本统，其以奕为琅邪王。”秋七月戊午，葬穆皇帝于永平陵。慕容恪攻陷野王，守将吕护退保荥阳。八月己卯夜，天裂，广数丈，有声如雷。九月戊申，立皇后王氏。穆帝皇后何氏称永安宫。吕护叛奔于莫容。冬十月，安北将军范汪有罪废为庶人。十一月丙辰，诏曰：“显宗成皇帝顾命，以时事多艰，弘高世之风，树德博重，以隆社稷。而国故不巳，康穆早世，胤祚不融。朕以寡德，复承先绪，感惟永慕，悲育兼摧。夫昭穆之义，固宜本之天属。继体承基，古今常道。宜上嗣显宗，以修本统。”十二月，加凉州刺史张玄靓为大都督陇右诸军事、护羌校尉、西平公。
隆和元年春正月壬子，大赦，改元。甲寅，减田税，亩收二升。是月，慕容将吕护、傅末波攻陷小垒，以逼洛阳。二月辛未，以辅国将军、吴国内史庾希为北中郎将、徐兗二州刺史，镇下邳；前锋监军、龙骧将军袁真为西中郎将、监护豫司并冀四州诸军事、豫州刺史，镇汝南，并假节。丙子，尊所生周氏为皇太妃。三月甲寅朔，日有蚀之。夏四月，旱。诏出轻系，振困乏。丁丑，梁州地震，浩衅山崩。吕护复寇洛阳。乙酉，辅国将军、河南太守戴施奔于宛。五月丁巳，遣北中郎将庾希、竟陵太守邓遐以舟师救洛阳。秋七月，吕护等退守小平津。进琅邪王奕为侍中、骠骑大将军、开府。邓遐进屯新城，庾希部将何谦及慕容将刘则战于檀丘，破之。八月，西中郎将袁真进次汝南，运米五万斛以馈洛阳。冬十月，赐贫乏者米，人五斛。章武王珍薨。十二月戊午朔，日有蚀之。诏曰：“戎旅路次，未得轻简赋役。玄象失度，亢旱为患，岂政事未洽，将有板筑、渭滨之士邪！其搜扬隐滞，蠲除苛碎，详议法令，咸从损耍。”庾希自下邳退镇山阳，袁真自汝南退镇寿阳。
兴宁元年春二月己亥，大赦，改元。三月壬寅，皇太妃薨于琅邪第。癸卯，帝奔丧，诏司徒、会稽王昱总内外众务。夏四月，慕容寇荥阳，太守刘远奔鲁阳。甲戌，扬州地震，湖渎溢。五月，加征西大将军桓温侍中、大司马、都督中外诸军事、录尚书事、假黄钺。复以西中郎将袁真都督司、冀、并三州诸军事，北中郎将瘦希都督青州诸军事。癸卯，慕容陷密城，荥阳太守刘远奔于江陵。秋七月，张天锡弑凉州刺史、西平公张玄靓，自称大将军、护羌校尉、凉州牧、西平公。丁酉，葬章皇太妃。八月，有星孛于角亢，入天市。九月壬戌，大司马桓温帅众北伐。癸亥，以皇子生，大赦。冬十月甲申，立陈留王世子恢为王。十一月，姚襄故将张骏杀江州督护赵毗，焚武昌，略府藏以叛，江州刺史桓冲讨斩之。是岁，慕容将慕容尘攻陈留太守袁披于长平。汝南太守硃斌承虚袭许昌，克之。
二年春二月庚寅，江陵地震。慕容将慕容评袭许昌，颍川太守李福死之。评遂侵汝南，太守硃斌遁于寿阳。又进围陈郡，太守硃辅婴城固守。桓温遣江夏相刘岵击退之。改左军将军为游击将军，罢右军、前军、后军将军五校三将官。癸卯，帝亲耕藉田。三月庚戌朔，大阅户人，严法禁，称为庚戌制。辛未，帝不豫。帝雅好黄老，断谷，饵长生药，服食过多，遂中毒，不识万机，崇德太后复临朝摄政。夏四月甲申，慕容遣其将李洪侵许昌，王师败绩于悬瓠，硃斌奔于淮南，硃辅退保彭城。桓温遣西中郎将袁真、江夏相刘岵等凿阳仪道以通运，温帅舟师次于合肥，慕容尘复屯许昌。五月，迁陈人于陆以避之。戊辰，以扬州刺史王述为尚书令、卫将军。以桓温为扬州牧、录尚书事。壬申，遣使喻温入相，温不从。秋七月丁卯，复征温入朝。八月，温至赭圻，遂城而居之。苻坚别帅侵河南，慕容寇洛阳。九月，冠军将军陈祐留长史沈劲守洛阳，帅众奔新城。
三年春正月庚申，皇后王氏崩。二月乙未，以右将军桓豁监荆州扬州之义城雍州之京兆诸军事、领南蛮校尉、荆州刺史；桓冲监江州荆州之江夏随郡豫州之汝南西阳新蔡颍川六郡诸军事、南中郎将、江州刺史，领南蛮校尉，并假节。
丙申，帝崩于西堂，时年二十五。葬安平陵。
废帝讳奕，字延龄，哀帝之母弟也。咸康八年封为东海王。永和八年拜散骑常侍，寻加镇军将军；升平四年拜车骑将军。五年，改封琅邪王。隆和初，转侍中、骠骑大将军、开府仪同三司。兴宁三年二月丙申，哀帝崩，无嗣。丁酉，皇太后诏曰：“帝遂不救厥疾，艰祸仍臻，遗绪泯然，哀恸切心。琅邪王奕，明德茂亲，属当储嗣，宜奉祖宗，纂承大统。便速正大礼，以宁人神。”于是百官奉迎于琅邪第。是日，即皇帝位，大赦。三月壬申，葬哀皇帝于安平陵。癸酉，散骑常侍、河间王钦薨。丙子，慕容将慕容恪陷洛阳，宁朔将军竺瑶奔于襄阳，冠军长史、扬武将军沈劲死之。夏六月戊子，使持节、都督益宁二州诸军事、镇西将军、益州刺史、建城公周抚卒。秋七月，匈奴左贤王卫辰、右贤王曹谷帅众二万侵苻坚杏城。己酉，改封会稽王昱为琅邪王。壬子，立皇后庾氏。封琅邪王昱子昌明为会稽王。冬十月，梁州刺史司马勋反，自称成都王。十一月，帅众人剑阁，攻涪，西夷校尉毌丘弃城而遁。乙卯，围益州刺史周楚于成都，桓温遣江夏相硃序救之。十二月戊戌，以会稽内史王彪之为尚书仆射。
太和元年春二月己丑，以凉州刺史张天锡为大将军、都督陇右关中诸军事、西平郡公。丙申，以宣城内史桓秘为持节、监梁益二州征讨诸军事。三月辛亥，新蔡王邈薨。荆州刺史桓豁遣督护桓罴攻南郑，魏兴人毕钦举兵以应罴。夏四月，旱。五月戊寅，皇后庾氏崩。硃序攻司马勋于成都，众溃，执勋，斩之。秋七月癸酉，葬孝皇后于敬平陵。九月甲午，曲赦梁、益二州。冬十月辛丑，苻坚将王猛、杨安攻南乡，荆州刺史桓豁救之，师次新野而猛、安退。以会稽王昱为丞相。十二月，南阳人赵弘、赵忆等据宛城反，太守桓澹走保新野。慕容将慕容厉陷鲁郡、高平。
二年春正月，北中郎将庾希有罪，走入于海。夏四月，慕容将慕容尘寇竟陵，太守罗崇击破之。苻坚将王猛寇凉州，张天锡距之，猛师败绩。五月，右将军桓豁击赵忆，走之，进获慕容将赵槃，送于京师。秋九月，以会稽内史郗愔为都督徐兗青幽四州诸军事、平北将军、徐州刺史。冬十月乙巳，彭城王玄薨。
三年春三月丁巳朔，日有蚀之。癸亥，大赦。夏四月癸巳，雨雹，大风折木。秋八月壬寅，尚书令、卫将军、蓝田侯王述卒。
四年夏四月庚戌，大司马桓温帅众伐慕容。秋七月辛卯，将慕容垂帅众距温，温击败之。九月戊寅，桓温裨将邓遐、硃序遇将傅末波于林渚，又大破之。戊子，温至枋头。丙申，以粮运不继，焚舟而归。辛丑，慕容垂追败温后军于襄邑。冬十月，大星西流，有声如雷。己巳，温收散卒，屯于山阳。豫州刺史袁真以寿阳叛。十一月辛丑，桓温自山阳及会稽王昱会于涂中，将谋后举。十二月，遂城广陵而居之。
五年春正月己亥，袁真子双之、爱之害梁国内史硃宪、汝南内史硃斌。二月癸酉，袁真死，陈郡太守硃辅立真子瑾嗣事，求救于慕容。夏四月辛未，桓温部将竺瑶破瑾于武丘。秋七月癸酉朔，日有蚀之。八月癸丑，桓温击袁瑾于寿阳，败之。九月，苻坚将猛伐慕容，陷其上党。广汉妖贼李弘与益州妖贼李金根聚众反，弘自称圣王，众万余人，梓潼太守周虓讨平之。冬十月，王猛大破慕容将慕容评于潞川。十一月，猛克鄴，获慕容，尽有其地。
六年春正月，苻坚遣将王鉴来援袁瑾，将军桓伊逆击，大破之。丁亥，桓温克寿阳，斩袁瑾。三月壬辰，监益宁二州诸军事、冠军将军、益州刺史、建城公周楚卒。夏四月戊午，大赦，赐穷独米，人五斛。苻坚将苻雅伐仇池，仇池公杨纂降之。六月，京都及丹阳、晋陵、吴郡、吴兴、临海并大水。秋八月，以前宁州刺史周仕孙为假节、监益梁二州诸军事、益州刺史。冬十月壬子，高密王俊薨。十一月癸卯，桓温自广陵屯于白石。丁未，诣阙，因图废立，诬帝在籓夙有痿疾，嬖人相龙、计好、硃灵宝等参侍内寝，而二美人田氏、孟氏生三男，长欲封树，时人惑之，温因讽太后以伊霍之举。己酉，集百官于朝堂，宣崇德太后令曰：“王室艰难，穆、哀短祚，国嗣不育储宫靡立。琅邪王奕亲则母弟，故以入纂大位。不图德之不建，乃至于斯。昏浊溃乱，动违礼度。有此三孽，莫知谁子。人伦道丧，丑声遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗庙，且昏孽并大，便欲建树储籓。诬罔祖宗，颂移皇基，是而可忍，孰不可怀！今废奕为东海王，以王还第，供卫之仪，皆如汉朝昌邑故事。但未亡人不幸，罹此百忧，感念存没，心焉如割。社稷大计，义不获已。临纸悲塞，如何可言。”于是百官入太极前殿，即日桓温使散骑侍郎刘享收帝玺绶。帝著白帢单衣，步下西堂，乘犊车出神兽门。群臣拜辞，莫不觑欷。侍御史、殿中监将兵百人卫送东海第。
初，桓温有不臣之心，欲先立功河朔，以收时望。及枋头之败，威名顿挫，逐潜谋废立，以长威权。然惮帝守道，恐招时议。以宫阐重闷，床笫易诬，乃言帝为阉，遂行废辱。初，帝平生每以为虑，尝召术人扈谦筮之，卦成，答曰：“晋室有盘石之固，陛下有出宫之象。”竟如其言。
咸安二年正月，降封帝为海西县公。四月，徙居吴县，敕吴国内史刁彝防卫，又遣御史顾允监察之。十一月，妖贼卢悚遣弟子殿中监许龙晨到其门，称太后密诏，奉迎兴复。帝初欲从之，纳保母谏而止。龙曰：“大事将捷，焉用兒女子言乎？”帝曰：“我得罪于此，幸蒙宽宥，岂敢妄动哉！且太后有诏，便应官属来，何独使汝也？汝必为乱。”因叱左右缚之，龙惧而走。帝知天命不可再，深虑横祸，乃杜塞聪明，无思无虑，终日酣暢，耽于内宠，有子不育，庶保天年。时人怜之，为作歌焉。朝廷以帝安于屈辱，不复为虞。太元十一年十月甲申，薨于吴，时年四十五。
史臣曰：孝宗因繦抱之姿，用母氏之化，中外无事，十有余年。以武安之才，启之疆埸；以文王之风，被乎江汉，则孔子所谓吾无间然矣。哀皇宽惠，可以为君，而鸿祀禳天，用尘其德。东海违许龙之驾，屈放命之臣，所谓柔弱胜刚强，得尽于天年者也。
赞曰：委裘称化，大孝为宗，遵彼圣善，成兹允恭。西旌玉垒，北旆金墉。迁殷旧僰，莫不来从。哀后宽仁，惟灵既集。海西多故，时灾见及。彼异阿衡，我非昌邑。