元丰七年，都司御史房置簿，以书御史、六曹官纠察之多寡当否为殿最，岁终取旨升黜。绍圣元年，诏都司以岁终点检六曹稽违最多者，具郎官姓名上省取旨。二年，诏御史台察六曹稽缓违失者，送左司籍记。宣和二年，左司员外郎王蕃奏："都司以弥纶省闼为职，事无不预。今宰、丞入省，诸房文字填委，次第呈覆，自朝至于日中，或昏暮仅绝，其势不〈耳叚〉一一检阅细故，而省吏径禀宰、丞请笔，以草检令承从官斋赴郎官厅落日押字。"谓"宜遵守元丰及崇宁旧法，诸房各具签帖，先都事自点检，次郎官押讫，赴宰、丞请笔行下。"于是诏曰："先帝肇正三省，诏给舍、都司以赞省务。今都司浸以旷官，缘省吏强悍，敢肆侵侮。自今违法事，其左右司官、尚书具事举劾。"
建炎三年，诏减左、右司郎官两员，置中书门下省检正诸房公事二员。至次年，检正省罢，其左、右司郎官依旧四员。绍兴三十二年，诏尚书省吏房、兵房，三省、枢密院机速房，尚书省刑房、户房、工房，三省、枢密院看详赏功房，尚书省礼房，令左、右司郎官四员从上分房书拟。隆兴元年，诏左、右司郎官各差一员。乾道六年，诏榷货务都茶场依建炎三年指挥，委都司官提领措置。乾道七年，复添置右司郎官二人。
榷货务都茶场，（都司提领。） 提辖官一员，（京朝官充。）监场官二员，（京选通差。）掌鹾、茗、香、矾钞引之政令，以通商贾、佐国用。旧制，置务以通榷易。建炎中兴，又置都茶场，给卖茶引，随行在所榷货务置场虽分两司，而提辖官、监官并通衔管干。外置建康、镇江务场，并冠以行在为名，以都司提领，不系户部经费。建康、镇江续分隶总领所。开禧初，以总领所侵用储积钱，令径隶提领所。乾道七年，提领所置干办官一员。
右提辖官与杂买务杂卖场、文思院、左藏东西库提辖，并称四辖。外补则为州，内迁则为寺监丞、簿，亦有径为杂临司，或入三馆。（乾道间，榷务王禋除市舶，左藏王揖除坑冶铸钱司，淳熙间，熊克自文思除校书郎。）绍熙以后，往往更迁六院官，或出为添倅，有先后轻重之异焉。
左藏封桩库，（都司提领。）监官一员，监门官一员。淳熙九年，以都司提领。初创，非奉亲与军须不支。后或拨入内库，或以供宫廷诸费，亦以备振恤之用。
提举修敕令 自熙宁初，编修《三司令式》，命宰臣王安石提举，是后，皆以宰执为之。详定官，以侍从之通法令者充，旧制二员。宣和中，增至七员。靖康初，减为三员。删定官，无常员。先是，尝别修一司敕命。大观三年，诏六曹删定官并入详定一司敕令所，为一局。
制置三司条例司 掌经画邦计，议变旧法以通天下之利。熙宁二年置，以知枢密院陈升之参知政事王安石为之，而苏辙、程颢等亦皆为属官。未几，升之相，乃言："条例者有司事尔，非宰相之职，宜罢之。"帝欲并归中书，安石请以枢密副使韩绛代升之焉。三年，判大名府韩琦言："条例司虽大臣所领，然止是定夺之所。今不关中书而径自行下，则是中书之外又有一中书也。"五月，罢归中书。
三司会计司 熙宁七年，置于中书，以宰相韩绛提举。先是，绛言总天下财赋，而无考较盈虚之法，乃置是司。既而事多濡滞，八年，绛坐此罢相，局亦寻废。
编修条例司 熙宁初置，八年罢。
经抚房 专治边事。宣和四年，宰臣王黼主伐燕之议，置于三省，不复以关枢密院。六年，罢。
提举讲议司 崇宁元年七月，诏如熙宁条例司故事，都省置讲议司。以宰相蔡京提举，侍从为详定官，卿监为参详官；又置检讨官，凡宗室、冗官、国用、商旅、盐铁、赋调、尹牧，每一事各三人主之。（时又分武备一房，别为枢密院讲议司。三年三月，知枢密院事蔡卞奏罢。）三年四月结局。宣和六年，又于尚书省置讲议司。十二月，命太师致仕蔡京兼领，听就私第裁处，仍免签书。
议礼局 大观元年，诏于尚书省置，以执政兼领。详议官二员，以两制充。应凡礼制本末，皆议定取旨。政和三年，《五礼仪注》成，罢局。
礼制局 讨论古今宫室、车服、器用、冠昏、丧祭沿革制度。政和二年，置于编类御笔所，有详议、同详议官，宣和二年，诏与大晟府制造所协声律官并罢。