元丰元年，详定郊庙礼文所图上八庙异宫之制，以始祖居中，分昭穆为左右。自北而南，僖祖为始祖；翼祖、太祖、太宗、仁宗为穆，在右；宣祖、真宗、英宗为昭，在左。皆南面北上。陆佃言："太祖之庙百世不迁，三昭三穆，亲尽则迭毁。如周以后稷为太祖，王季为昭，文王为穆，武王为昭，成王为穆，康王为昭，昭王为穆，其后穆王入庙，王季亲尽而迁，则文王宜居昭位，武王宜居穆位，成王、昭王宜居昭位，康王、穆王宜居穆位，所谓父昭子穆是也。说者以昭常为昭，穆常为穆，则尊卑失序。"复图上八庙昭穆之制，以翼祖、太祖、太宗、仁宗为昭，在左；宣祖、真宗、英宗为穆，在右。皆南面北上。
何洵直图上八庙异宫，引熙宁仪：僖祖正东向之位，顺祖、宣祖、真宗、英宗南面为昭，翼祖、太祖、太宗、仁宗北面为穆，正得祖宗继序、德厚流光之本意。又以晋孙毓、唐贾公彦言"始祖居中，三昭在左，南面西上；三穆在右，南面东上。"为两图上之。又援《祭法》，言："翼祖、宣祖在二祧之位，犹同祖祢之庙，皆月祭之，与亲庙一等，无亲疏远近之杀。顺祖实去祧之主，若有四时祈祷，犹当就坛受祭。请自今二祧神主，杀于亲庙，四时之祭，享尝乃止，不及大烝，不荐新物。去祧神主，有祷则为坛而祭，庶合典礼。"又请建新庙于始祖之西，略如古方明坛制。有诏，俟庙制成日取旨。
三年，礼文所言："古者宗庙为石室以藏主，谓之宗祏。夫妇一体，同几共牢。一室之中，有左主、右主之别，正庙之主，各藏庙室西壁之中；迁庙之主，藏于太祖太室北壁之中，其埳去地六尺一寸。今太庙藏主之室，帝后异处，迁主仍藏西夹室，求之于礼，有所未合。请新庙成，并遵古制。"从之。二月，慈圣光献皇后祔庙，前二日，告天地、社稷、太庙、皇后庙如故事。至日，奉神主先诣僖祖室，次翼祖室，次宣祖室，次太祖室，次太宗室。次太宗与懿德皇后、明德皇后同一祝，次享元德皇后。慈圣光献皇后，异馔位、异祝，行祔谒礼。次真宗室，次仁宗室，次英宗室。礼毕，奉神主归仁宗室。
元丰六年六月，孝惠、孝章、淑德、章怀四后升祔，准章献明肃、章懿二后，升祔礼毕，递享太庙，止行升祔享礼及祭七祀，权罢孟冬荐享，仍以配继先后为序。八年，礼部太常寺言："诏书定七世八室之制。今神宗皇帝崇祔，翼祖在七世之外，与简穆皇后祧藏于西夹室，置石室中。"十一月丁酉，祔神宗神主于第八室。自英宗上至宣祖以次升迁。绍圣元年二月，祔宣仁圣烈皇后于太庙。
元符三年，礼部太常寺言："哲宗升祔，宜如晋成帝故事，于太庙殿增一室，候祔庙日，神主祔第九室。"诏下侍从官议，皆如所言。蔡京议："以哲宗嗣神宗大统，父子相承，自当为世。今若不祧远祖，不以哲宗为世，则三昭四穆与太祖之庙而八。宜深考载籍，迁祔如礼。"陆佃、曾肇等议："国朝自僖祖而下始备七庙，故英宗祔庙，则迁顺祖，神宗祔庙，则迁翼祖。今哲宗于神宗，父子也，如礼官议，则庙中当有八世。况唐文宗即位则迁肃宗，以敬宗为一世，故事不远。哲宗祔庙，当以神宗为昭，上迁宣祖，以合古三昭三穆之义。"先是，李清臣为礼部尚书，首建增室之议，侍郎赵挺之等和之。会清臣为门下侍郎，论者多从其议，惟京、佃等议异。二议既上，清臣辩说甚力，帝迄从焉。
六月，礼部请用太庙东夹室奉安哲宗神主。太常少卿孙杰言："先帝神主，错之夹室，即是不得祔于正庙，与前诏增建一室之议不同。昨用嘉祐故事，专置使修奉，请以夹室奉安神主，亦与元置使之意相违。请如太常前议，增建一室。"尚书省以庙室未备，行礼有期，权宜升祔，随即增修，比之前代设幄行事者，不为不至。诏依初旨行之，乃祔哲宗神主于夹室。
崇宁二年，祧宣祖与昭宪皇后神主藏西夹室，居翼祖、简穆皇后石室之次。五年，诏曰："去古既远，诸儒之说不同。郑氏谓：'太祖及文、武不祧之庙与亲庙四，为七。'是不祧之宗，在七庙之内。王氏谓：'非太祖而不毁，不为常数。'是不祧之宗，在七庙之外。本朝今已五宗，则七庙当祧者，二宗而已。迁毁之礼，近及祖考，殆非先王尊祖之意，宜令有司复议。"礼官言："先王之制，庙止于七，后王以义起礼，乃有增置九庙者。"礼部尚书徐铎又言："唐之献祖、中宗、代宗与本朝僖祖，皆尝祧而复。今存宣祖于当祧之际，复翼祖于已祧之后，以备九庙，礼无不称。"乃命铎为修奉使，增太庙殿为十室。四年十二月，复翼祖、宣祖庙，行奉安礼，惟不用前期誓戒及亚、终献之乐舞焉。
高宗建炎二年，奉太庙神主于扬州寿宁寺。三年，幸杭州，奉安于温州。绍兴五年，司封郎中林待聘言："太庙神主宜在国都。今新邑未奠，当如古行师载主之义，迁之行阙，以彰圣孝。"于是始建太庙于临安，奉迎安置。