周延儒、温体仁见疏不怿。以时方祷雨，而宗周称疾，指为偃蹇，激帝怒，拟旨诘之。且令陈足兵、足饷之策，宗周条画以对，延儒、体仁不能难。
为京尹，政令一新，挫豪家尤力。阉人言事辄不应，或相诟谇，宗周治事自如。武清伯苍头殴诸生，宗周捶之，枷武清门外。尝出，见优人笼箧，焚之通衢。周恤单丁下户尤至。居一载，谢病归，都人为罢市。
八年七月，内阁缺人，命吏部推在籍者，以孙慎行、林钎及宗周名上。诏所司敦趋，宗周固辞不许。明年正月入都，慎行已卒，与钎入朝。帝问人才、兵食及流寇猖獗状。宗周言：“陛下求治太急，用法太严，布令太烦，进退天下士太轻。诸臣畏罪饰非，不肯尽职业，故有人而无人之用，有饷而无饷之用，有将不能治兵，有兵不能杀贼。流寇本朝廷赤子，抚之有道，则还为民。今急宜以收拾人心为本，收拾人心在先宽有司。参罚重则吏治坏，吏治坏则民生困，盗贼由此日繁。”帝又问兵事。宗周言：“御外以治内为本。内治修，远人自服，干羽舞而有苗格。愿陛下以尧、舜之心，行尧、舜之政，天下自平。”对毕趋出。帝顾体仁迂其言，命钎辅政，宗周他用。旋授工部左侍郎。逾月，上《痛愤时艰疏》，言：
陛下锐意求治，而二帝三王治天下之道未暇讲求，施为次第犹多未得要领者。首属意于边功，而罪督遂以五年恢复之说进，是为祸胎。己巳之役，谋国无良，朝廷始有积轻士大夫之心。自此耳目参于近侍，腹心寄于干城，治术尚刑名，政体归丛脞，天下事日坏而不可救。厂卫司讥察，而告讦之风炽；诏狱及士绅，而堂廉之等夷；人人救过不给，而欺罔之习转甚；事事仰成独断，而谄谀之风日长。三尺法不伸于司寇，而犯者日众，诏旨杂治五刑，岁躬断狱以数千，而好生之德意泯。刀笔治丝纶而王言亵，诛求及琐屑而政体伤。参罚在钱谷而官愈贪，吏愈横，赋愈逋；敲扑繁而民生瘁，严刑重敛交困而盗贼日起。总理任而臣下之功能薄，监视遣而封疆之责任轻。督、抚无权而将日懦，武弁废法而兵日骄，将懦兵骄而朝廷之威令并穷于督、抚。朝廷勒限平贼，而行间日杀良报功，生灵益涂炭。一旦天牖圣衷，撤总监之任，重守令之选，下弓旌之招，收酷吏之威，布维新之化，方与二三臣工洗心涤虑，以联泰交，而不意君臣相遇之难也。得一文震孟而以单辞报罢，使大臣失和衷之谊；得一陈子壮而以过戆坐辜，使朝宁无吁咈之风。此关于国体人心非浅鲜者。
陛下必体上天生物之心以敬天，而不徒倚风雷；必念祖宗鉴古之制以率祖，而不轻改作。以简要出政令，以宽大养人才，以忠厚培国脉。发政施仁，收天下泮涣之人心，而且还内廷扫除之役，正懦帅失律之诛，慎天潢改授之途。遣廷臣赍内帑巡行郡国为招抚使，赦其无罪而流亡者。陈师险隘，坚壁清野，听其穷而自归。诛渠之外，犹可不杀一人，而毕此役，奚待于观兵哉。
疏入，帝怒甚，谕阁臣拟严旨再四。每拟上，帝辄手其疏覆阅，起行数周。已而意解，降旨诘问，谓大臣论事宜体国度时，不当效小臣归过朝廷为名高，且奖其清直焉。
时太仆缺马价，有诏愿捐者听，体仁及成国公朱纯臣以下皆有捐助。又议罢明年朝觐。宗周以输赀、免觐为大辱国。帝虽不悦，心善其忠，益欲大用。体仁患之，募山阴人许瑚疏论之，谓宗周道学有余，才谞不足。帝以瑚同邑，知之宜真，遂已不用。
其秋，三疏请告去。至天津，闻都城被兵，遂留养疾。十月，事稍定，乃上疏曰：
己巳之变，误国者袁崇焕一人。小人竞修门户之怨，异己者概坐以崇焕党，日造蜚语，次第去之。自此小人进而君子退，中官用事而外廷浸疏。文法日繁，欺罔日甚，朝政日隳，边防日坏。今日之祸，实己巳以来酿成之也。
且以张凤翼之溺职中枢也，而俾之专征，何以服王洽之死？以丁魁楚等之失事于边也，而责之戴罪，何以服刘策之死？诸镇勤王之师，争先入卫者几人，不闻以逗留蒙诘责，何以服耿如杞之死？今且以二州八县之生灵，结一饱飏之局，则廷臣之累累若若可幸无罪者，又何以谢韩爌、张凤翔、李邦华诸臣之或戍或去？岂昔为异己驱除，今不难以同己相容隐乎？臣于是而知小人之祸人国无已时也。
昔唐德宗谓群臣曰：“人言卢杞奸邪，朕殊不觉。”群臣对曰：“此乃杞之所以为奸邪也。”臣每三覆斯言，为万世辨奸之要。故曰：“大奸似忠，大佞似信。”频年以来，陛下恶私交，而臣下多以告讦进；陛下录清节，而臣下多以曲谨容；陛下崇励精，而臣下奔走承顺以为恭；陛下尚综核，而臣下琐屑吹求以示察。凡若此者，正似信似忠之类，究其用心，无往不出于身家利禄。陛下不察而用之，则聚天下之小人立于朝，有所不觉矣。天下即乏才，何至尽出中官下？而陛下每当缓急，必委以大任。三协有遣，通、津、临、德有遣；又重其体统，等之总督。中官总督，置总督何地？总督无权，置抚、按何地？是以封疆尝试也。
且小人每比周小人，以相引重，君子独岸然自异。故自古有用小人之君子，终无党比小人之君子。陛下诚欲进君子退小人，决理乱消长之机，犹复用中官参制之，此明示以左右袒也。有明治理者起而争之，陛下即不用其言，何至并逐其人？而御史金光辰竟以此逐，若惟恐伤中官心者，尤非所以示天下也。
至今日刑政之最舛者，成德，傲吏也，而以赃戍，何以肃惩贪之令？申绍芳，十余年监司也，而以莫须有之钻刺戍，何以昭抑竞之典？郑鄤之狱，或以诬告坐，何以示敦伦之化？此数事者，皆为故辅文震孟引绳批根，即向驱除异己之故智，而廷臣无敢言。
陛下亦无从知之也。呜呼，八年之间，谁秉国成，而至于是！臣不能为首揆温体仁解矣。语曰：“谁生厉阶，至今为梗。”体仁之谓也。
疏奏，帝大怒，体仁又上章力诋，遂斥为民。
十四年九月，吏部缺左侍郎，廷推不称旨。帝临朝而叹，谓大臣：“刘宗周清正敢言，可用也。”遂以命之。再辞不得，乃趋朝。道中进三札：一曰明圣学以端治本，二曰躬圣学以建治要，三曰重圣学以需治化，凡数千言。帝优旨报之。明年八月，未至擢左都御史。力辞，有诏敦趋。逾月，入见文华殿。帝问都察院职掌安在，对曰：“在正己以正百僚。必存诸中者，上可对君父，下可质天下士大夫，而后百僚则而象之。大臣法，小臣廉，纪纲振肃，职掌在是，而责成巡方其首务也。巡方得人，则吏治清，民生遂。”帝曰：“卿力行以副朕望。”乃列建道揆、贞法守、崇国体、清伏奸、惩官邪、饬吏治六事以献，帝褒纳焉。俄劾御史喻上猷、严云京而荐袁恺、成勇，帝并从之。其后上猷受李自成显职，卒为世大诟。
冬十月，京师被兵。请旌死事卢象升，而追戮误国奸臣杨嗣昌，逮跋扈悍将左良玉；防关以备反攻，防潞以备透渡，防通、津、临、德以备南下。帝不能尽行。
闰月晦日召见廷臣于中左门。时姜埰、熊开元以言事下诏狱，宗周约九卿共救。入朝，闻密旨置二人死。宗周愕然谓众曰：“今日当空署争，必改发刑部始已。”及入对，御史杨若桥荐西洋人汤若望善火器，请召试。宗周曰：“边臣不讲战守屯戍之法，专恃火器。近来陷城破邑，岂无火器而然？我用之制人，人得之亦可制我，不见河间反为火器所破乎？国家大计，以法纪为主。大帅跋扈，援师逗遛，奈何反姑息，为此纷纷无益之举耶？”因议督、抚去留，则请先去督师范志完。且曰：“十五年来，陛下处分未当，致有今日败局。不追祸始，更弦易辙，欲以一切苟且之政，补目前罅漏，非长治之道也。”帝变色曰：“前不可追，善后安在？”宗周曰：“在陛下开诚布公，公天下为好恶，合国人为用舍，进贤才，开言路，次第与天下更始。”帝曰：“目下烽火逼畿甸，且国家败坏已极，当如何？”宗周曰：“武备必先练兵，练兵必先选将，选将必先择贤督、抚，择贤督、抚必先吏、兵二部得人。宋臣曰：‘文官不爱钱，武官不惜死，则天下太平。’斯言，今日针砭也。论者但论才望，不问操守；未有操守不谨，而遇事敢前，军士畏威者。若徒以议论捷给，举动恢张，称曰才望，取爵位则有余，责事功则不足，何益成败哉？”帝曰：“济变之日，先才后守。”宗周曰：“前人败坏，皆由贪纵使然；故以济变言，愈宜先守后才。”帝曰：“大将别有才局，非徒操守可望成功。”宗周曰：“他不具论，如范志完操守不谨，大将偏裨无不由贿进，所以三军解体。由此观之，操守为主。”帝色解曰：“朕已知之。”敕宗周起。