三月，萼复上疏曰：“自古帝王相传，统为重，嗣为轻。故高皇帝法前王，著兄终弟及之训。陛下承祖宗大统，正遵高皇帝制。执政乃无故任己私，背祖训，其为不道，尚可言哉。臣闻道路人言，执政窥伺陛下至情不已，则加一皇字而已。夫陛下之孝其亲，不在于皇不皇，惟在于考不考。使考献帝之心可夺，虽加千百字徽称，何益于孝？陛下遂终其身为无父人矣。逆伦悖义如此，犹可使与斯议哉！”与璁疏并上。帝益大喜，召赴京。
初，议礼诸臣无力诋执政者，至萼遂斥为不道，且欲不使议。其言恣肆无忌，朝士尤疾之。召命下，众益骇愕，群起排击，帝不为动。萼复偕璁论列不已，遂召为翰林学士，卒用其言。萼自是受知特深。
四年春，给事中柯维熊言：“陛下亲君子而君子不容，如林俊、孙交、彭泽之去是也。远小人而小人尚在，如张璁、桂萼之用是也。且今伏阙诸臣多死徙，而御史王懋、郭楠又谪谴，窃以为罚过重矣。”萼、璁遂求去，优诏慰留。寻进詹事兼翰林学士。议世庙神道及太后谒庙礼，复排廷议，希合帝指。帝益以为贤，两人气益盛。而阁臣抑之，不令与诸翰林等。两人乃连章攻费宏并石珤，齮之去。给事中陈洸犯重辟，萼与尚书赵鉴攘臂争，为南京给事中所劾，不问。尝陈时政，请预蠲六年田租，更登极初宿弊，宽登闻鼓禁约，复塞上开中制，惩奸徒阻绝养济院，听穷民耕城垣陾地，停外吏赴部考满，申圣敬，广圣孝，凡数事。多议行。
六年三月，进礼部右侍郎，兼官如故。时方京察，南京言官拾遗及萼。萼上言：“故辅杨廷和广植私党，蔽圣聪者六年，今次第斥逐，然遗奸在言路。昔宪宗初年，命科道拾遗后，互相纠劾，言路遂清，请举行如制。”章下吏部，侍郎孟春等言：“宪宗无此诏。萼被论报复，无以厌众心。”萼言：“诏出宪宗文集。春欲媚言官，宜并按问。”章下部再议，春等言成化中科道有超擢巡抚不称者，宪宗命互劾，去者七人，非考察拾遗比。帝终然萼言，趣令速举。给事御史争之，并夺俸。春等乃以御史储良才等四人名上。帝独黜良才，而特旨斥给事中郑自璧、孟奇。且令部院再核，复黜给事中余经等四人、南京给事中顾溱等数人，乃已。
其年九月改吏部左侍郎。是月拜礼部尚书，兼翰林学士。故事，尚书无兼学士者，自萼始。甫逾月，迁吏部尚书，赐银章二，曰“忠诚静慎”，曰“绳愆匡违”，令密封言事与辅臣埒。七年正月，手敕加太子太保。《明伦大典》成，加少保兼太子太傅。
萼既得志，日以报怨为事。陈九畴、李福达、陈洸之狱，先后株连彭泽、马录、叶应骢等甚众，或被陷至谪戍。廷臣莫不畏其凶威。独疏荐建言狱罪邓继曾、季本等，因事贬谪黄国用、刘秉鉴等，诸人得量移。世亦稍以此贤萼。然王守仁之起也，萼实荐之。已，衔其不附己，力齮龁。及守仁卒，极言丑诋，夺其世封，诸恤典皆不予。八年二月命以本官兼武英殿大学士入参机务。初，萼、璁赴召，廷臣欲仿先朝马顺故事，于左顺门捶杀之，走武定侯郭勋家以免。勋遂与深相结，亦蒙帝眷典禁兵。久之，勋奸状大露，璁、霍韬力庇勋。萼知帝已恶之，独疏其凶暴贪狡数事，勋遂获罪。杨一清为首辅持重，萼、璁好纷更，且恶其压己，遂不相能。
给事中孙应奎请鉴别三臣贤否，诋萼最力。帝已疑萼，令涤宿愆，全君臣终始之义。萼乃大惧，疏辨，且称疾乞休。帝报曰：“卿行事须勉徇公议，庶不负前日忠。”萼益惧。给事中王准因劾萼举私人李梦鹤为御医。诏下吏部，言梦鹤由考选，无私。帝终以为疑，命太医院更考。言官知帝意已移，给事中陆粲极论其罪，并言梦鹤与萼家人吴从周、序班桂林居间行贿事。奏入，帝大悟，立夺萼官，以尚书致仕。璁亦罢政。帝复列二人罪状诏廷臣，略言：“其自用自恣，负君负国，所为事端昭然众见，而萼尤甚。法当置刑典，特宽贷之。”遂下梦鹤等法司，皆首服。无何，霍韬两疏讼萼，言一清与法司构成萼赃罪。一清遂去位，刑部尚书周伦调南京，郎中、员外皆夺职，命法司会锦衣镇抚官再谳。乃言梦鹤等假托行私，与萼无与。诏削梦鹤、林籍，从周论罪，萼复散官。是时璁已召还。史馆儒士蔡圻知帝必复萼，疏颂萼功，请召之。帝乃赐敕，令抚按官趣上道。萼未至，国子生钱潮等复请趣萼。帝怒曰：“大臣进退，幺么敢与闻耶？”并圻下吏。明年四月还朝，尽复所夺官，仍参机务。
萼初锐意功名，勇任事，不恤物议，骤被摧抑，气为之慑，不敢复放恣。居位数月，屡引疾，帝辄优旨慰留。十年正月得请归，卒于家。赠太傅，谥文襄。
萼所论奏，《帝王心学论》、《皇极论》、《易·复卦》、《礼·月令》及进《禹贡图》、《舆地图说》，皆有裨君德时政。性猜狠，好排异己，以故不为物论所容。始与璁相得欢甚，比同居政府，遂至相失。
方献夫，字叔贤，南海人。生而孤。弱冠举弘治十八年进士，改庶吉士。乞归养母，遂丁母忧。正德中，授礼部主事，调吏部，进员外郎。与主事王守仁论学，悦之，遂请为弟子。寻谢病归，读书西樵山中者十年。
嘉靖改元，夏还朝，道闻“大礼”议未定，草疏曰：
先王制礼，本缘人情。君子论事，当究名实。窃见近日礼官所议，有未合乎人情，未当乎名实者，一则守《礼经》之言，一则循宋儒之说也。臣独以为不然。按《礼经·丧服》传曰“何如而可以为人后？支子可也”。又曰“为人后者孰后？后大宗也”。“大宗者，尊之统也”。“不可以绝，故族人以支子后大宗也。適子不得后大宗”。为是礼者，盖谓有支子而后可以为人后，未有绝人之后以为人后者也。今兴献帝止生陛下一人，别无支庶，乃使绝其后而后孝宗，岂人情哉！且为人后者，父尝立之为子，子尝事之为父，故卒而服其服。今孝宗尝有武宗矣，未尝以陛下为子。陛下于孝宗未尝服三年之服，是实未尝后孝宗也，而强称之为考，岂名实哉！为是议者，未见其合于《礼经》之言也。
又按程颐《濮议》谓“英宗既以仁宗为父，不当以濮王为亲”。此非宋儒之说不善，实今日之事不同。盖仁宗尝育英宗于宫中，是实为父子。孝宗未尝育陛下于宫中，其不同者一。孝宗有武宗为子矣，仁宗未尝有子也，其不同者二。濮王别有子可以不绝，兴献帝无别子也，其不同者三。岂得以濮王之事比今日之事哉？为是议者，未见其善述宋儒之说也。
若谓孝宗不可无后，故必欲陛下为子，此尤不达于大道者也。推孝宗之心，所以必欲有后者，在不绝祖宗之祀，不失天下社稷之重而已，岂必拘拘父子之称，而后为有后哉。孝宗有武宗，武宗有陛下，是不绝祖宗之祀，不失天下社稷之重矣，是实为有后也。且武宗君天下十有六年。不忍孝宗之无后，独忍武宗之无后乎？此尤不通之说也。夫兴献帝当父也，而不得父。孝宗不当父也，而强称为父。武宗当继也，而不得继。是一举而三失焉，臣未见其可也。
且天下未尝有无父之国也。瞽瞍杀人，舜窃负而逃。今使陛下舍其父而有天下，陛下何以为心哉！臣知陛下纯孝之心，宁不有天下，决不忍不父其父也。说者又谓兴献帝不当称帝，此尤不达于大道者也。孟子曰“孝子之至，莫大乎尊亲”。周公追王太王王季，子思以为达孝。岂有子为天子，父不得称帝者乎？今日之事，臣尝为之说曰：陛下之继二宗，当继统而不继嗣。兴献之异群庙，在称帝而不称宗。夫帝王之体，与士庶不同。继统者，天下之公，三王之道也。继嗣者，一人之私，后世之事也。兴献之得称帝者，以陛下为天子也。不得称宗者，以实未尝在位也。伏乞宣示朝臣，复称孝宗曰‘皇伯’，兴献帝曰‘皇考’，别立庙祀之。夫然后合于人情，当乎名实，非唯得先王制礼之意，抑亦遂陛下纯孝之心矣。
疏具，见廷臣方抵排异议，惧不敢上，为桂萼所见，与席书疏并表上之。帝大喜，立下廷议。廷臣遂目献夫为奸邪，至不与往还。献夫乃杜门乞假，既不得请，则进《大礼》上下二论，其说益详。时已召张璁、桂萼于南京，至即用为翰林学士，而用献夫为侍讲学士。攻者四起，献夫亦力辞。帝卒用诸人议定“大礼”，由是荷帝眷与璁、萼埒。四年冬进少詹事。献夫终不自安，谢病归。
六年召修《明伦大典》。献夫与霍韬同里，以议礼相亲善，又同赴召，乃合疏言：“自古力主为后之议者，宋莫甚于司马光，汉莫甚于王莽。主《濮议》者，光为首，吕诲、范纯仁、吕大防附之，而光之说惑人最甚。主哀帝议者，莽为首，师丹、甄邯、刘歆附之，而莽之说流毒最深。宋儒祖述王莽之说以惑万世，误后学。臣等谨按《汉书》、《魏志》、《宋史》，略采王莽、师丹、甄邯之奏，与其事始末，及魏明帝之诏，濮园之议，论正以附其后。乞付纂修官，参互考订，俾天下臣子知为后之议实起于莽，宋儒之论实出于莽，下洗群疑，上彰圣孝。”诏语下其书于史馆。还朝未几，命署大理寺事，与璁、萼覆谳李福达狱。萼等议马录重辟，献夫力争得减死。其年九月拜礼部右侍郎，仍兼学士，直经筵日讲。寻代萼为吏部左侍郎，复代为礼部尚书。《明伦大典》成，加太子太保。
献夫视璁、萼性宽平，遇事亦间有执持，不尽与附会。萼反陈洸狱，请尽逮问官叶应骢等，以献夫言多免逮。思恩、田州比岁乱，献夫请专任王守仁，而罢镇守中官郑润、总兵官朱骐，帝乃召润、骐还。思、田既平，守仁议筑城建邑，萼痛诋之。献夫历陈其功状，筑城得毋止。璁、萼与杨一清构，献夫因灾异进和衷之说，且请收召谪戍削籍余宽、马明衡辈，而倍取进士之数。帝优诏答之，宽等卒不用。献夫以尼僧、道姑伤风化，请勒令改嫁，帝从之。又因霍韬言，尽汰僧道无牒、毁寺观私创者。帝欲杀陈后丧，献夫引礼固争。寻复代萼为吏部尚书。萼、璁罢政，诏吏部核两人私党。献夫言：“陆粲等所劾百十人，诬者不少。昔攻璁、萼者，以为党而去之。今附璁、萼者，又以为党而去之。缙绅之祸何时已。”乃奏留黄绾等二十三人，而黜储良才等十二人。良才者，初为御史，以考察黜。上疏诋杨廷和，指吏部侍郎孟春等为奸党，萼因请复其职。至是斥去，时论快之。安昌伯钱维圻卒，庶兄维垣请嗣爵。献夫言外戚之封不当世及，历引汉、唐、宋事为证。帝善其言，下廷议，外戚遂永绝世封。