初，太祖沿边设卫，惟土著兵及有罪谪戍者。遇有警，调他卫军往戍，谓之客兵。永乐间，始命内地军番戍，谓之边班。其后占役逃亡之数多，乃有召募，有改拨，有修守民兵、土兵，而边防日益坏。洪武时，宣府屯守官军殆十万。正统、景泰间，已不及额。弘治、正德以后，官军实有者仅六万六千九百有奇，而召募与士兵居其半。他镇率视此。
正统初，山西、河南班军守偏头、大同、宣府塞，不得代。巡抚于谦言：“每岁九月至二月，水冷草枯，敌骑出没，乘障卒宜多。若三月至八月，边守自足。乞将两班军，每岁一班，如期放遣。”甘肃总兵官蒋贵又言：“沿边墩台，守了军更番有例，惟坐事谪发者不许，困苦甚。乞如例践更。”并从之。五年，山西总兵官李谦请偏头关守备军如大同例，半岁更番。部议，每番皆十月，而戍卒仍率以岁为期，有久而后遣者。弘治中，三边总制秦纮言：“备御延绥官军，自十二月赴边，既周一岁，至次年二月始得代。在军日多，请岁一更，上下俱在三月初。”边军便之。
嘉靖四十三年，巡抚延绥胡志夔请免戍军三年，每军征银五两四钱，为募兵用。至万历初，大同督、抚方逢时等请修筑费。诏以河南应戍班军，自四年至六年概免，尽扣班价发给，谓之折班，班军遂耗。久之，所征亦不得。宁山、南阳、颍上三卫积逋延绥镇折班银至五万余两。是后诸边财力俱尽，敝极矣。
初，边政严明，官军皆有定职。总兵官总镇军为正兵，副总兵分领三千为奇兵，游击分领三千往来防御为游兵，参将分守各路东西策应为援兵。营堡墩台分极冲、次冲，为设军多寡。平时走阵、哨探、守瞭、焚荒诸事，无敢惰。稍违制，辄按军法。而其后皆废坏云。
沿海之地，自乐会接安南界，五千里抵闽，又二千里抵浙，又二千里抵南直隶，又千八百里抵山东，又千二百里逾宝坻、卢龙抵辽东，又千三百余里抵鸭绿江。岛寇倭夷，在在出没，故海防亦重。
吴元年，用浙江行省平章李文忠言，嘉兴、海盐、海宁皆设兵戍守。洪武四年十二月，命靖海侯吴祯籍方国珍所部温、台、庆元三府军士及兰秀山无田粮之民，凡十一万余人，隶各卫为军。且禁沿海民私出海。时国珍及张士诚余众多窜岛屿间，勾倭为寇。五年，命浙江、福建造海舟防倭。明年，从德庆侯廖永忠言，命广洋、江阴、横海、水军四卫增置多橹快船，无事则巡徼，遇寇以大船薄战，快船逐之。诏祯充总兵官，领四卫兵，京卫及沿海诸卫军悉听节制。每春以舟师出海，分路防倭，迄秋乃还。十七年，命信国公汤和巡视海上，筑山东、江南北、浙东西沿海诸城。后三年，命江夏侯周德兴抽福建福、兴、漳、泉四府三丁之一，为沿海戍兵，得万五千人。移置卫所于要害处，筑城十六。复置定海、盘石、金乡、海门四卫于浙，金山卫于松江之小官场，及青村、南汇嘴城二千户所，又置临山卫于绍兴，及三山、沥海等千户所，而宁波、温、台并海地，先已置八千户所，曰平阳、三江、龙山、霩戺、大松、钱仓、新河、松门，皆屯兵设守。二十一年，又命和行视闽粤，筑城增兵。置福建沿海指挥使司五，曰福宁、镇东、平海、永宁、镇海。领千户所十二，曰大金、定海、梅花、万安、莆禧、崇武、福全、金门、高浦、六鳌、铜山、玄钟。二十三年，从卫卒陈仁言，造苏州太仓卫海舟。旋令滨海卫所，每百户及巡检司皆置船二，巡海上盗贼。后从山东都司周彦言，建五总寨于宁海卫，与莱州卫八总寨，共辖小寨四十八。已，复命重臣勋戚魏国公徐辉祖等分巡沿海。帝素厌日本诡谲，绝其贡使，故终洪武、建文世不为患。
永乐六年，命丰城侯李彬等缘海捕倭，复招岛人、醿户、贾竖、渔丁为兵，防备益严。十七年，倭寇辽东，总兵官刘江歼之于望海埚。自是倭大惧，百余年间，海上无大侵犯。朝廷阅数岁一令大臣巡警而已。
至嘉靖中，倭患渐起，始设巡抚浙江兼管福建海道提督军务都御史。已，改巡抚为巡视。未几，倭寇益肆。乃增设金山参将，分守苏、松海防，寻改为副总兵，调募江南、北徐、邳官民兵充战守，而杭、嘉、湖亦增参将及兵备道。三十三年，调拨山东民兵及青州水陆枪手千人赴淮、扬，听总督南直军务都御史张经调用。时倭纵掠杭、嘉、苏、松，踞柘林城为窟穴，大江南北皆被扰。监司任环败之，经亦有王家泾之捷，乃遁出海，复犯苏州。于是南京御史屠仲律言五事。其守海口云：“守平阳港、黄花澳，据海门之险，使不得犯温、台。守宁海关、湖头湾，遏三江之口，使不得窥宁、绍。守鳖子门、乍浦峡，使不得近杭、嘉。守吴淞、刘家河、七丫港，使不得掩苏、松。且宜修饬海舟，大小相比，或百或五十联为一〈舟宗〉，募惯习水工领之，而充以原额水军，于诸海口量缓急置防。”部是其议。未几，兵部亦言：“浙、直、通、泰间最利水战，往时多用沙船破贼，请厚赏招徕之。防御之法，守海岛为上，宜以太仓、崇明、嘉定、上海沙船及福仓、东莞等船守普陀、大衢。陈钱山乃浙、直分路之始，狼、福二山约束首尾，交接江洋，亦要害地，宜督水师固守。”报可。已，复令直隶吴淞江、刘家河、福山港、镇江、圌山五总添设游兵，听金山副总兵调度。
时胡宗宪为总督，诛海贼徐海、汪直。直部三千人，复勾倭入寇，闽、广益骚。三十七年，都御史王询请“分福建之福、兴为一路，领以参将，驻福宁，水防自流江、烽火门、俞山、小埕至南日山，漳、泉为一路，领以参将，驻诏安，水防自南日山至浯屿、铜山、玄钟、走马溪、安边馆。水陆兵皆听节制。福建省城介在南北，去海仅五十里，宜更设参将，选募精税部领哨船，与主客兵相应援”。部覆从之。广东惠、潮亦增设参将，驻揭阳。福建巡抚都御史游震得言：“浙江温、处与福宁接壤，倭所出没，宜进戚继光为副总兵，守之。而增设福宁守备，隶继光。漳州之月港亦增设守备，隶总兵官俞大猷。延、建、邵为八闽上游，宜募兵以备缓急。”皆允行。既而宗宪被逮，罢总督官，以浙江巡抚赵炳然兼任军事。炳然因请令定海总兵属浙江，金山总兵属南直，俱兼理水陆军务，互相策应。其后，莆田倭寇平，乃复五水寨旧制。
五寨者，福宁之烽火门，福州之小埕澳，兴化之南日山，泉州之浯屿，漳州之西门澳，亦曰铜山。景泰三年，镇守尚书薛希琏奏建者也，后废。至是巡抚谭纶疏言：“五寨守扼外洋，法甚周悉，宜复旧。以烽火门、南日、浯屿三〈舟宗〉为正兵，铜山、小埕二〈舟宗〉为游兵。寨设把总，分汛地，明斥堠，严会哨。改三路参将为守备。分新募浙兵为二班，各九千人，春秋番上。各县民壮皆补用精悍，每府领以武职一人，兵备使者以时阅视。”帝皆是之。狼山故设副总兵，至是改为镇守总兵官，兼辖大江南北。迨隆庆初，倭渐不为患，而诸小寇往往有之。
万历三年，设广东南澳总兵官，以其据漳、泉要害也。久之，倭寇朝鲜，朝廷大发兵往援，先后六年。于是设巡抚官于天津，防畿甸。后十余年，从南直巡按御史颜思忠言，分淮安大营兵六百守廖角嘴。从福建巡抚丁继嗣言，设兵自浙入闽之三江及刘澳，而易海澄团练营土著军以浙兵。
天启中，筑城于澎湖，设游击一，把总二，统兵三千，筑炮台以守。先是，万历中，许孚远抚闽，奏筑福州海坛山，因及澎湖诸屿，且言浙东沿海陈钱、金塘、玉环、南麂诸山俱宜经理，遂设南麂副总兵，而澎湖不暇及。其地遥峙海中，逶迤如修蛇，多岐港零屿，其中空间可藏巨艘。初为红毛所据，至是因巡抚南居益言，乃夺而守之。
自世宗世倭患以来，沿海大都会，各设总督、巡抚、兵备副使及总兵官、参将、游击等员，而诸所防御，于广东则分东、中、西三路，设三参将；于福建则有五水寨；于浙则有六总，一金乡、盘石二卫，一松门、海门二卫，一昌国卫及钱仓、爵溪等所，一定海卫及霩戺、大嵩等所，一观海、临山二卫，一海宁卫，分统以四参将；于南直隶则乍浦以东，金山卫设参将，黄浦以北，吴淞江口设总兵；于淮、扬则总兵驻通州，游击驻庙湾，又于扬州设陆兵游击，待调遣；于山东则登、莱、青三府设巡察海道之副使，管理民兵之参将，总督沿海兵马备倭之都指挥，于蓟、辽则大沽海口宿重兵，领以副总兵，而以密云、永平两游击为应援。山海关外，则广宁中、前等五所兵守各汛，以宁前参将为应援，而金、复、海、盖诸军皆任防海。三岔以东，九联城外创镇江城，设游击，统兵千七百，哨海上，北与宽奠参将陆营相接，共计凡七镇，而守备、把总、分守、巡徼会哨者不下数百员。以三、四、五月为大汛，九、十月为小汛。盖遭倭甚毒，故设防亦最密云。
日本地与闽相值，而浙之招宝关其贡道在焉，故浙、闽为最冲。南寇则广东，北寇则由江犯留都、淮、扬，故防海外，防江为重。洪武初，于都城南新江口置水兵八千。已，稍置万二千，造舟四百艘。又设陆兵于北岸浦子口，相掎角。所辖沿江诸郡。上自九江、广济、黄梅，下抵苏、松、通、泰，中包安庆、池、和、太平，凡盗贼及贩私盐者，悉令巡捕，兼以防倭。永乐时，特命勋臣为帅视江操，其后兼用都御史。成化四年，从锦衣卫佥事冯瑶言，令江兵依地设防，于瓜、仪、太平置将领镇守。后六年，守备定西侯蒋琬奏调建阳、镇江诸卫军补江兵缺伍。十三年，命择武大臣一人职江操，毋摄营务。又五年，从南京都御史白昂言，敕沿江守备官互相应援，并给关防。著为令。弘治中，命新江口两班军如京营例，首班歇，即以次班操。嘉靖八年，江阴贼侯仲金等作乱，给事中夏言请设镇守江、淮总兵官。已而寇平，总兵罢不设。十九年，沙贼黄艮等复起。帝诘兵部以罢总兵之故，乃复设，给旗牌符敕，提督沿江上下。后复裁罢。三十二年，倭患炽，复设副总兵于金山卫，辖沿海至镇江，与狼山副总兵水陆相应。时江北俱被倭，于是量调九江、安庆官军守京口、圌山等地。久之，给事中范宗吴言：“故事，操江都御史防江，应、凤二巡抚防海。后因倭警，遂以镇江而下，通常、狼、福诸处隶之操江，以故二抚臣得诿其责。操江又以向非本属兵，难遥制，亦漠然视之，非委任责成意。宜以圌山、三江会口为操、抚分界。”报可。其后增上下两江巡视御史，得举劾有司将领，而以南京佥都御史兼理操江，不另设。
先是，增募水兵六千。隆庆初，以都御史吴时来请，留四之一，余悉罢遣，并裁中军把总等官。已，复令分汛设守，而责以上下南北互相策应。又从都御史宋仪望言，诸军皆分驻江上，不得居城市。万历二十年，以倭警，言者请复设京口总兵。南京兵部尚书衷贞吉等谓既有吴淞总兵，不宜两设。乃设兵备使者，每春汛，调备倭都督，统卫所水、陆军赴镇江。后七年，操江耿定力奏：“长江千余里，上江列营五，兵备臣三；下江列营五，兵备臣二。宜委以简阅训练，即以精否为兵备殿最。”部议以为然。故事，南北总哨官五日一会哨于适中地，将领官亦月两至江上会哨。其后多不行。崇祯中，复以勋臣任操江，偷惰成习，会哨巡徼皆虚名，非有实矣。
卫所之外，郡县有民壮，边郡有土兵。
太祖定江东，循元制，立管领民兵万户府。后从山西行都司言，听边民自备军械，团结防边。闽、浙苦倭，指挥方谦请籍民丁多者为军。寻以为患乡里，诏闽、浙互徙。时已用民兵，然非召募也。正统二年，始募所在军余、民壮愿自效者，陕西得四千二百人。人给布二匹，月粮四斗。景泰初，遣使分募直隶、山东、山西、河南民壮，拨山西义勇守大同，而紫荆、倒马二关，亦用民兵防守，事平免归。
成化二年，以边警，复二关民兵。敕御史往延安、庆阳选精壮编伍，得五千余人，号曰土兵。以延绥巡抚卢祥言边民骁果，可练为兵，使护田里妻子，故有是命。