世宗入立，诏自弘治十八年存额外，悉裁之，替补必兵部查驳。而御马监马牛羊，令巡视科道核数。既而中旨免核，马多虚增。后数年，御马太监闵洪复矫旨选四卫官。给事中郑自璧劾其欺蔽，不报。久之，兵部尚书李承勋请以选核仍隶本部，中官谓非便。帝从承勋言。十六年，又命收复登极诏书所裁者，凡四千人。后五年，内臣言，勇士仅存五千余，请令子侄充选，以备边警。部臣言：“故额定五千三百三十人。八年清稽，已浮其数，且此营本非为备边设者。”帝从部议。然隐射、占役、冒粮诸弊率如故。万历二年，减坐营官二员。已，复定营官缺由兵部择用。其后复为中官所挠，仍属御马监。廷臣多以为言，不能从。四十二年，给事中姚宗文点阅本营，言：“官勇三千六百四十七，仅及其半。马一千四十三，则无至者。官旗七千二百四十，止四千六百余。马亦如之。乞下法司究治。”帝不能问。天启末，巡视御史高弘图请视三大营例，分弓弩、短兵、火器，加以训练。至庄烈帝时，提督内臣曹化淳奏改为勇卫营，以周遇吉、黄得功为帅，遂成劲旅，出击贼，辄有功。得功军士画虎头于皂布以衣甲，贼望见黑虎头军，多走避，其得力出京营上云。