至万历十五年，沁水决武陟东岸莲花池、金屹〈山当〉，新乡、获嘉尽淹没。廷议筑堤障之。都御史杨一魁言：“黄河从沁入卫，此故道也。自河徙，而沁与俱南，卫水每涸。宜引沁入卫，不使助河为虐。”部覆言：“沁入黄，卫入漕，其来已久。顷沁水决木栾莲花口而东，一魁因建此议。而科臣常居敬往勘，言：‘卫辉府治卑於河，恐有冲激。且沁水多沙，入漕反为患，不如坚筑决口，广辟河身’。”乃罢其议。
三十三年，茶陵知州范守己复言：“嘉靖六年，河决丰、沛。胡世宁言：‘沁水自红荆口分流入卫，近年始塞。宜择武陟、阳武地开一河，北达卫水，以备徐、沛之塞。’会盛应期主开新渠，议遂不行。近者十年前，河沙淤塞沁口，沁水不得入河，自木栾店东决岸，奔流入卫，则世宁红荆口之说信矣。彼时守土诸臣塞其决口，筑以坚堤，仍导沁水入河。而堤外河形直抵卫浒，至今存也。请建石闸於堤，分引一支，由所决河道东流入卫。漕舟自邳溯河而上，因沁入卫，东达临清，则会通河可废。”帝命总河及抚、按勘议，不行。
滹沱河，出山西繁峙泰戏山。循太行，掠晋、冀，逶迤而东，至武邑合漳。东北至青县岔河口入卫，下直沽。或云九河中所称徒骇是也。
明初，故道由藁城、晋州抵宁晋入卫，其后迁徙不一。河身不甚深，而水势洪大。左右旁近地大率平漫，夏秋雨潦，挟众流而溃，往往成巨浸。水落，则因其浅淤以为功。修堤浚流，随时补救，不能大治也。洪武间一浚。建文、永乐间，修武强、真定决岸者三。至洪熙元年夏，霪雨，河水大涨，晋、定、深三州，藁城、无极、饶阳、新乐、宁晋五县，低田尽没，而滹沱遂久淤矣。宣德六年，山水复暴泛，冲坏堤岸，发军民浚之。正统元年溢献县，决大郭鼋窝口堤。四年溢饶阳，决丑女堤及献县郭家口堤，淹深州田百馀里，皆命有司修筑。十一年复疏晋州故道。
成化七年，巡抚都御史杨璇言：“霸州、固安、东安、大城、香河、宝坻、新安、任丘、河间、肃宁、饶阳诸州县屡被水患，由地势平衍，水易潴积。而唐、滹沱、白沟三河上源堤岸率皆低薄，遇雨辄溃。官吏东西决放，以邻为壑。宜求故迹，随宜浚之。”帝即命璇董其事，水患稍宁。至十八年，卫、漳、滹沱并溢，溃漕河岸，自清平抵天津决口八十六。因循者久之。
弘治二年修真定县白马口及近城堤三千九百馀丈。五年又筑护城堤二道。后复比年大水，真定城内外俱浸。改挑新河，水患始息。
嘉靖元年筑束鹿城西决口，修晋州紫城口堤。未几，复连岁被水。十年冬，巡按御史傅汉臣言：“滹沱流经大名，故所筑二堤冲败，宜修复如旧。”乃命抚、按官会议。其明年，敕太仆卿何栋往治之，栋言：“河发浑源州，会诸山之水，东趋真定，由晋州紫城口之南入宁晋泊，会卫河入海，此故道也。晋州西高南下，因冲紫城东溢，而束鹿、深州诸处遂为巨浸。今宜起藁城张村至晋州故堤，筑十八里，高三丈，广十之，植椿榆诸树。乃浚河身三十馀里，导之南行，使归故道，则顺天、真、保诸郡水患俱平矣。”又用郎中徐元祉言，於真定浚滹沱河以保城池，又导束鹿、武强、河间、献县诸水，循滹沱以出。皆从之。自后数十年，水颇戢，无大害。
万历九年，给事中顾问言：“臣令任丘，见滹沱水涨，漂没民田不可胜纪。请自饶阳、河间以下水占之地，悉捐为河，而募夫深浚河身，坚筑堤岸，以图永久。”命下抚、按官勘议。增筑雄县横堤八里，任丘东堤二十里。
桑乾河，卢沟上源也。发源太原之天池，伏流至朔州马邑雷山之阳，有金龙池者浑泉溢出，是为桑乾。东下大同古定桥，抵宣府保安州，雁门、应州、云中诸水皆会。穿西山，入宛平界。东南至看舟口，分为二。其一东由通州高丽庄入白河。其一南流霸州，合易水，南至天津丁字沣入漕河，曰卢沟河，亦曰浑河。河初过怀来，束两山间，不得肆。至都城西四十里石景山之东，地平土疏，冲激震荡，迁徙弗常。《元史》名卢沟曰小黄河，以其流浊也。上流在西山后者，盈涸无定，不为害。
嘉靖三十三年，御史宋仪望尝请疏凿，以漕宣、大粮。三十九年，都御史李文进以大同缺边储，亦请“开桑乾河以通运道。自古定桥至卢沟桥务里村水运五节，七百馀里，陆运二节，八十八里。春秋二运，可得米二万五千馀石。且造浅船由卢沟达天津，而建仓务里村、青白口八处，以备拨运。”皆不能行。下流在西山前者，泛溢害稼，畿封病之，堤防急焉。
洪武十六年浚桑乾河，自固安至高家庄八十里，霸州西支河二十里，南支河三十五里。永乐七年，决固安贺家口。十年，坏卢沟桥及堤岸，没官田民庐，溺死人畜。洪熙元年，决东狼窝口。宣德三年，溃卢沟堤。皆发卒治之。六年，顺天府尹李庸言：“永乐中，运河决新城，高从周口遂致淤塞。霸州桑圆里上下，每年水涨无所泄，漫涌倒流，北灌海子凹、牛栏佃，请亟修筑。”从之。七年，侍郎王佐言：“通州至河西务河道浅狭，张家湾西旧有浑河，请疏浚。”帝以役重止之。九年，决东狼窝口，命都督郑铭往筑。正统元年复命侍郎李庸修筑，并及卢沟桥小屯厂溃岸，明年工竣。越三年，白沟、运河二水俱溢，决保定县安州堤五十馀处。复命庸治之，筑龙王庙南石堤。七年筑浑河口。八年筑固安决口。
成化七年，霸州知州蒋恺言：“城北草桥界河，上接浑河，下至小直沽注於海。永乐间，浑河改流，西南经固安、新城、雄县抵州，屡决为害。近决孙家口，东流入河，又东抵三角淀。小直沽乃其故道，请因其自然之势，修筑堤岸。”诏顺天府官相度行之。十九年命侍郎杜谦督理卢沟河堤岸。弘治二年，决杨木厂堤，命新宁伯谭祐、侍郎陈政、内官李兴等督官军二万人筑之。正德元年筑狼窝决口。久之，下流支渠尽淤。
嘉靖十年从郎中陆时雍言，发卒浚导。三十四年修柳林至草桥大河。四十一年命尚书雷礼修卢沟河岸。礼言：“卢沟东南有大河，从丽庄园入直沽下海，沙淀十馀里。稍东岔河，从固安抵直沽，势高。今当先浚大河，令水归故道，然后筑长堤以固之。决口地下水急，人力难骤施。西岸故堤绵亘八百丈，遗址可按，宜并筑。”诏从其请。明年旋工，东西岸石堤凡九百六十丈。
万历十五年九月，神宗幸石景山，临观浑河。召辅臣申时行至幄次，谕曰：“朕每闻黄河冲决，为患不常，欲观浑河以知水势。今见河流汹涌如此，知黄河经理倍难。宜饬所司加慎，勿以劳民伤财为故事。至选用务得人，吏、工二部宜明喻朕意。”
胶莱河，在山东平度州东南，胶州东北。源出高密县，分南北流。南流自胶州麻湾口入海，北流经平度州至掖县海仓口入海。议海运者所必讲也。元至元十七年，莱人姚演献议开新河，凿地三百馀里，起胶西县东陈村海口，西北达胶河，出海仓口，谓之胶莱新河。寻以劳费难成而罢。
明正统六年，昌邑民王坦上言：“漕河水浅，军卒穷年不休。往者江南常海运，自太仓抵胶州。州有河故道接掖县，宜浚通之。由掖浮海抵直沽，可避东北海险数千里，较漕河为近。部覆寝其议。
嘉靖十一年，御史方远宜等复议开新河。以马家墩数里皆石冈，议复寝。十七年，山东巡抚胡缵宗言：“元时新河石座旧迹犹在，惟马壕未通。已募夫凿治，请复浚淤道三十馀里。”命从其议。
至十九年，副使王献言：“劳山之西有薛岛、陈岛，石砑林立，横伏海中，最险。元人避之，故放洋走成山正东，逾登抵莱，然后出直沽。考胶莱地图，薛岛西有山曰小竺，两峰夹峙。中有石冈曰马壕，其麓南北皆接海崖，而北即麻湾，又稍北即新河，又西北即莱州海仓。由麻湾抵海仓才三百三十里，由淮安逾马壕抵直沽，才一千五百里，可免铙海之险。元人尝凿此道，遇石而止。今凿马壕以趋麻湾，浚新河以出海仓，诚便。”献乃於旧所凿地迤西七丈许凿之。其初土石相半，下则皆石，又下石顽如铁。焚以烈火，用水沃之，石烂化为烬。海波流汇，麻湾以通，长十有四里，广六丈有奇，深半之。由是江、淮之舟达於胶莱。逾年，复浚新河，水泉旁溢，其势深阔，设九闸，置浮梁，建官署以守。而中间分水岭难通者三十馀里。时总河王以旂议复海运，请先开平度新河。帝谓妄议生扰，而献亦适迁去，於是工未变而罢。