弘治二年，河复决张秋，冲会通河，命户部侍郎白昂相治。昂奏金龙口决口已淤，河并为一大支，由祥符合沁下徐州而去。其间河道浅隘，宜於所经七县，筑堤岸以卫张秋。下工部议，从其请。昂又以漕船经高邮甓社湖多溺，请於堤东开複河西四十里以通舟。越四年，河复决数道入运河，坏张秋东堤，夺汶水入海，漕流绝。时工部侍郎陈政总理河道，集夫十五万，治未效而卒。
六年春，副都御史刘大夏奉敕往治决河。夏半，漕舟鳞集，乃先自决口西岸凿月河以通漕。经营二年，张秋决口就塞，复筑黄陵冈上流。於是河复南下，运道无阻。乃改张秋曰安平镇，建庙赐额曰显惠神祠，命大学士王鏊纪其事，勒於石。而白昂所开高邮複河亦成，赐名康济，其西岸以石甃之。又甃高邮堤，自杭家闸至张家镇凡三十里。高邮堤者，洪武时所筑也。陈瑄因旧增筑，延及宝应，土人相沿谓之老堤。正统三年易土以石。成化时，遣官筑重堤於高邮、邵伯、宝应、白马四湖老堤之东。而王恕为总河，修淮安以南诸决堤，且浚淮、扬漕河。重湖壖民盗决溉田之罚，造闸〈石达〉以储湖水。及大夏塞张秋，而昂又开康济，漕河上下无大患者二十馀年。
十六年，巡抚徐源言：“济宁地最高，必引上源洸水以济，其口在堈城石濑之上。元时治闸作堰，使水尽入南旺，分济南北运。成化间，易土以石。夫土堰之利，水小则遏以入洮，水大则闭闸以防沙壅，听其漫堰西流。自石堰成，水遂横溢，石堰既坏，民田亦冲。洸河沙塞，虽有闸门，压不能启。乞毁石复土，疏洸口壅塞以至济宁，而筑堈城迤西春城口子决岸。”帝命侍郎李遂往勘，言：“堈城石堰，一可遏淤沙，不为南旺湖之害，一可杀水势，不虑戴村坝之冲，不宜毁。近堰积沙，宜浚。堈城稍东有元时旧闸，引洸水入济宁，下接徐、吕漕河。东平州戴村，则汶水入海故道也。自永乐初，横筑一坝，遏汶入南旺湖，漕河始通。今自分水龙王庙至天井闸九十里，水高三丈有奇，若洸河更浚而深，则汶流尽向济宁而南，临清河道必涸。洸口不可浚。堈城口至柳泉九十里，无关运道，可弗事。柳泉至济宁，汶、泗诸水会流处，宜疏者二十馀里。春城口，外障汶水，内防民田，堤卑岸薄，宜与戴村坝并修筑。”从之。正德四年十月，河决沛县飞云桥，入运。寻塞。
世宗之初，河数坏漕。嘉靖六年，光禄少卿黄绾论泉源之利，言：“漕河泉源皆发山东南旺、马场、樊村、安山诸湖。泉水所钟，亟宜修浚，且引他泉并蓄，则漕不竭。南旺、马场堤外孙村地洼，若潴为湖，改作漕道，尤可免济宁高原浅涩之苦。”帝命总河侍郎章拯议。而拯以黄水入运，运船阻沛上，方为御史吴仲所劾。拯言：“河塞难遽通，惟金沟口迤北新冲一渠可令运船由此入昭阳湖，出沙河板桥。其先阻浅者，则西历鸡冢寺，出庙道北口通行。下部并议，未决。给事中张嵩言：“昭阳湖地庳，河势高，引河灌湖，必致弥漫，使湖道复阻。请罢拯，别推大臣。”部议如嵩言。拯再疏自劾，乞罢，不许。卒引运船道湖中。其冬，诏拯还京别叙，而命择大臣督理。
诸大臣多进治河议。詹事霍韬谓：“前议役山东、河南丁夫数万，疏浚淤沙以通运。然沙随水下，旋浚旋淤。今运舟由昭阳湖入鸡鸣台至沙河，迂回不过百里。若沿湖筑堤，浚为小河，河口为闸，以待蓄泄，水溢可避风涛，水涸易为疏浚。三月而土堤成，一年而石堤成，用力少，取效速。黄河愈溢，运道愈利，较之役丁夫以浚淤土，劳逸大不侔也。”尚书李承勋谓：“於昭阳湖左别开一河，引诸泉为运道，自留城沙河为尤便。”与都御史胡世宁议合。七年正月，总河都御史盛应期奏如世宁策，请於昭阳湖东凿新河，自汪家口南出留城口，长百四十里，刻期六月毕工。工未半，而应期罢去，役遂已。其后三十年，朱衡始循其遗迹，浚而成之。是年冬，总河侍郎潘希会加筑济、沛间东西两堤，以拒黄河。
十九年七月，河决野鸡冈，二洪涸。督理河漕侍郎王以旂请浚山东诸泉以济运，且筑长堤聚水，如闸河制。遂清旧泉百七十八，开新泉三十一。以旂复奏四事。一请以诸泉分隶守土官兼理其事，毋使堙塞。一请於境山镇、徐、吕二洪之下，各建石闸，蓄水数尺以行舟，旁留月河以泄暴汛；筑四木闸於武家沟、小河口、石城、匙头湾，而置方船於沙坊等浅，以备捞浚。一言漕河两岸有南旺、安山、马场、昭阳四湖，名为水柜，所以汇诸泉济漕河也。豪强侵占，蓄水不多，而昭阳一湖淤成高地，大非国初设湖初意。宜委官清理，添置闸、坝、斗门，培筑堤岸，多开沟渠，浚深河底，以复四柜。一言黄河南徙，旧闸口俱塞，惟孙继一口独存。导河出徐州小浮桥，下徐、吕二洪，此济运之大者。请於孙继口多开一沟，及时疏瀹，庶二洪得济。帝可其奏，而以管泉专责之部曹。
徐、吕二洪者，河漕咽喉也。自陈瑄凿石疏渠，正统初，复浚洪西小河。漕运参将汤节又以洪迅败舟，於上流筑堰，逼水归月河，河南建闸以蓄水势。成化四年，管河主簿郭升以大石筑两堤，锢以铁锭，凿外洪败船恶石三百，而平筑里洪堤岸，又甃石岸东西四百馀丈。十六年增甃吕梁洪石堤、石坝二百馀丈，以资牵挽。及是建闸，行者益便之。
四十四年七月，河大决沛县，漫昭阳湖，由沙河至二洪，浩渺无际，运道淤塞百馀里。督理河漕尚书朱衡循览盛应期所凿新河遗迹，请开南阳、留城上下。总河都御史潘季驯不可。衡言：“是河直秦沟，有所束隘。伏秋黄水盛，昭阳受之，不为壑也。”乃决计开浚，身自督工，重惩不用命者。给事中郑钦劾衡故兴难成之役，虐民幸功。朝廷遣官勘新旧河孰利。给事中何起鸣勘河还，言：“旧河难复有五，而新河之难成者亦有三。顾新河多旧堤高阜，黄水难侵，睃而通之，运道必利。所谓三难者，一以夏村迤北地高，恐难接水，然地势高低，大约不过二丈，一视水平加深，何患水浅。一以三河口积沙深厚，水势湍急，不无阻塞，然建坝拦截，岁一挑浚之，何患沙壅。一以马家桥筑堤，微山取土不便，又恐水口投埽，势必不坚，然使委任得人，培筑高厚，无必不可措力之理。开新河便。”下廷臣集议，言新河已有次第，不可止。况百中桥至留城白洋浅，出境山，疏浚补筑，亦不全弃旧河，群议俱合。帝意乃决。时大雨，黄水骤发，决马家桥，坏新筑东西二堤。给事中王元春、御史黄襄皆劾衡欺误，起鸣亦变其说。会衡奏新旧河百九十四里俱已流通，漕船至南阳出口无滞。诏留衡与季驯详议开上源、筑长堤之便。
隆庆元年正月，衡请罢上源议，惟开广秦沟，坚筑南长堤。五月，新河成，西去旧河三十里。旧河自留城以北，经谢沟、下沽头、中沽头、金沟四闸，过沛县，又经庙道口、湖陵城、孟阳、八里湾、谷亭五闸，而至南阳闸。新河自留城而北，经马家桥、西柳庄、满家桥、夏镇、杨庄、硃梅、利建七闸，至南阳闸合旧河，凡百四十里有奇。又引鲇鱼诸泉及薛河、沙河注其中，而设坝於三河之口，筑马家桥堤，遏黄水入秦沟，运道乃大通。未几，鲇鱼口山水暴决，没漕艘。帝从衡请，自东邵开支河三道以分泄之，又开支河於东邵之上，历东沧桥以达百中桥，凿豸里沟诸处为渠，使水入赤山湖，由之以归吕孟湖，下境山而去。
衡召入为工部尚书，都御史翁大立代，上言：“漕河资泉水，而地形东高西下，非湖潴之则涸，故漕河以东皆有柜；非湖泄之则溃，故漕河以西皆有壑。黄流逆奔，则以昭阳湖为散漫之区；山水东突，则以南阳湖为潴蓄之地。宜由回回墓开通以达鸿沟，令谷亭、湖陵之水皆入昭阳湖，即浚鸿沟废渠，引昭阳湖水沿渠东出留城。其湖地退滩者，又可得田数千顷。”大立又言：“薛河水湍悍，今尽注赤山湖，入微山湖以达吕孟湖，此尚书衡成绩也。惟吕孟之南为邵家岭，黄流填淤，地形高仰，秋水时至，翕纳者小，浸淫平野，夺民田之利。微山之西为马家桥，比草创一堤以开运道，土未及坚而时为积水所撼，以寻丈之址，二流夹攻，虑有倾圮。宜凿邵家岭，令水由地浜沟出境山以入漕河，则湖地可耕，河堤不溃。更於马家桥建减水闸，视旱涝为启闭，乃通漕长策也。”并从之。
三年七月，河决沛县，茶城淤塞，粮艘二千馀皆阻邳州。大立言：“臣按行徐州，循子房山，过梁山，至境山，入地浜沟，直趋马家桥，上下八十里间，可别开一河以漕。”即所谓泇河也。请集廷议，上即命行之。未几，黄落漕通，前议遂寝。时淮水涨溢，自清河至淮安城西淤三十馀里，决礼、信二坝出海，宝应湖堤多坏。山东诸水从直河出邳州。大立以闻。其冬，自淮安板闸至清河西湖嘴开浚垂成，而里口复塞。督漕侍郎赵孔昭言：“清江一带黄河五十里，宜筑堰以防河溢；淮河高良涧一带七十馀里，宜筑堰以防淮涨。”帝令亟浚里口，与大立商筑堰事宜，并议海口筑塞及宝应月河二事。
四年六月，淮河及鸿沟境山疏浚工竣。大立方奏闻，诸水忽骤溢，决仲家浅，与黄河合，茶城复淤。未几，自泰山庙至七里沟，淮河淤十馀里，其水从朱家沟旁出，至清河县河南镇以合於黄河。大立请开新庄闸以通回船，兼浚古睢河，泄二洪水，且分河自鱼沟下草湾，保南北运道。帝命新任总河都御史潘季驯区画。顷之，河大决邳州，睢宁运道淤百馀里。大立请开泇口、萧县二河。会季驯筑塞诸决，河水归正流，漕船获通。大立、孔昭皆以迟误漕粮削籍，开泇之议不果行。
五年四月，河复决邳州王家口，自双沟而下，南北决口十馀，损漕船运军千计，没粮四十万馀石，而匙头湾以下八十里皆淤。於是胶、莱海运之议纷起。会季驯奏邳河功成。帝以漕运迟，遣给事中雒遵往勘。总漕陈炌及季驯俱罢官。
六年，从雒遵言，修筑茶城至清河长堤五百五十里，三里一铺，铺十夫，设官画地而守。又接筑茶城至开封两岸堤。从朱衡言，缮丰、沛大黄堤。衡又言：“漕河起仪真讫张家湾二千八百馀里，河势凡四段，各不相同。清江浦以南，临清以北，皆远隔黄河，不烦用力。惟茶城至临清，则闸诸泉为河，与黄相近。清河至茶城，则黄河即运河也。茶城以北，当防黄河之决而入；茶城以南，当防黄河之决而出。防黄河即所以保运河，故自茶城至邳、迁，高筑两堤，宿迁至清河，尽塞缺口，盖以防黄水之出，则正河必淤，昨岁徐、邳之患是也。自茶城秦沟口至丰、沛、曹、单，创筑增筑以接缕水旧堤，盖以防黄水之入，则正河必决，往年曹、沛之患是也。二处告竣，故河深水束，无旁决中溃之虞。氵市县之窑子头至秦沟口，应筑堤七十里，接古北堤。徐、邳之间，堤逼河身，宜於新堤外别筑遥堤。”诏如其议，以命总河侍郎万恭。
万历元年，恭言：“祖宗时造浅船近万，非不知满载省舟之便，以闸河流浅，故不敢过四百石也。其制底平、仓浅，底平则入水不深，仓浅则负载不满。又限浅船用水不得过六拏，伸大指与食指相距为一拏，六拏不过三尺许，明受水浅也。今不务遵行，而竞雇船搭运。雇船有三害，搭运有五害，皆病河道。请悉遵旧制。”从之。
恭又请复淮南平水诸闸，上言：“高、宝诸湖周遭数百里，西受天长七十馀河，徒恃百里长堤，若障之使无疏泄，是溃堤也。以故祖宗之法，偏置数十小闸於长堤之间，又为令曰：“但许深湖，不许高堤”，故设浅船浅夫取湖之淤以厚堤。夫闸多则水易落而堤坚，浚勤则湖愈深而堤厚，意至深远也。比年畏修闸之劳，每坏一闸即堙一闸，岁月既久，诸闸尽堙，而长堤为死障矣。畏浚浅之苦，每湖浅一尺则加堤一尺，岁月既久，湖水捧起，而高、宝为盂城矣。且湖漕勿堤与无漕同，湖堤勿闸与无堤同。陈瑄大置减水闸数十，湖水溢则泻以利堤，水落则闭以利漕，最为完计。积久而减水故迹不可复得，湖且沉堤。请复建平水闸，闸欲密，密则水疏，无涨懑患；闸欲狭，狭则势缓，无啮决虞。”尚书衡覆奏如其请。於是仪直、江都、高邮、宝应、山阳设闸二十三，浚浅凡五十一处，各设捞浅船二，浅夫十。
恭又言：“清江浦河六十里，陈瑄浚至天妃祠东，注於黄河。运艘出天妃口入黄穿清特半饷耳。后黄涨，逆注入口，清遂多淤。议者不制天妃口而遽塞之，令淮水勿与黄值。开新河以接淮河，曰“接清流勿接浊流，可不淤也”。不知黄河非安流之水，伏秋盛发，则西拥淮流数十里，并灌新开河。彼天妃口，一黄水之淤耳。今淮、黄会於新闸开河口，是二淤也。防一淤，生二淤，又生淮、黄交会之浅。岁役丁夫千百，浚治方毕，水过复合。又使运艘迂八里浅滞而始达於清河，孰与出天妃口者之便且利？请建天妃闸，俾漕船直达清河。运尽而黄水盛发，则闭闸绝黄，水落则启天妃闸以利商船。新河口勿浚可也。”。乃建天妃庙口石闸。
恭又言：“由黄河入闸河为茶城，出临清板闸七百馀里，旧有七十二浅。自创开新河，汶流平衍，地势高下不甚相悬，七十浅悉为通渠。惟茶、黄交会间，运盛之时，正值黄河水落之候，高下不相接，是以有茶城黄家闸之浅，连年患之。祖宗时，尝建境山闸，自新河水平，闸没泥淖且丈馀。其闸上距黄家闸二十里，下接茶城十里，因故基累石为之，可留黄家闸外二十里之上流，接茶城内十里之下流，且挟二十里水势，冲十里之狭流，蔑不胜矣。”乃复境山旧闸。