其后，堤岸渐倾，水从高堰决入，淮郡遂同鱼鳖。而当事者未考其故，谓海口壅闭，宜亟穿支渠。讵知草湾一开，西桥以上正河遂至淤阻。夫新河阔二十馀丈，深仅丈许，较故道仅三十之一，岂能受全河之水？下流既壅，上流自溃，此崔镇诸口所由决也。今新河复塞，故河渐已通流，虽深阔未及原河十一，而两河全下，沙随水刷，欲其全复河身不难也。河身既复，阔者七八里，狭亦不下三四百丈，滔滔东下，何水不容？匪惟不必别凿他所，即草湾亦可置勿浚矣。
故为今计，惟修复陈瑄故迹，高筑南北两堤，以断两河之内灌，则淮、扬昏垫可免。塞黄浦口，筑宝应堤，浚东关等浅，修五闸，复五坝，则淮南运道无虞。坚塞桃源以下崔镇口诸决，则全河可归故道。黄、淮既无旁决，并驱入海，则沙随水刷，海口自复，而桃、清浅阻，又不足言。此以水治水之法也。若夫爬捞之说，仅可行诸闸河，前入屡试无功，徒费工料。”
於是条上六议：曰塞决口以挽正河，曰筑堤防以杜溃决，曰复闸坝以防外河，曰创滚水坝以固堤岸，曰止浚海工程以省糜费，曰寝开老黄河之议以仍利涉。帝悉从其请。
七年十月，两河工成，赉季驯、一麟银币，而遣给事中尹瑾勘实。八年春进季驯太子太保工部尚书，荫一子。一麟等迁擢有差。是役也，筑高家堰堤六十馀里，归仁集堤四十馀里，柳浦湾堤东西七十馀里，塞崔镇等决口百三十，筑徐、睢、邳、宿、桃、清两岸遥堤五万六千馀丈，砀、丰大坝各一道，徐、沛、丰、砀缕堤百四十馀里，建崔镇、徐升、季泰、三义减水石坝四座，迁通济闸於甘罗城南，淮、扬间堤坝无不修筑，费帑金五十六万有奇。其秋擢季驯南京兵部尚书。季驯又请复新集至小浮桥故道，给事中王道成、河南巡抚周鉴等不可而止。自桂芳、季驯时罢总河不设，其后但以督漕兼理河道。高堰初筑，清口方畅，流连数年，河道无大患。
至十五年，封丘、偃师、东明、长垣屡被冲决。大学士申时行言：“河所决地在三省，守臣画地分修，易推委。河道未大坏，不必设都御史，宜遣风力老成给事中一人行河。”乃命工科都给事中常居敬往。居敬请修筑大社集东至白茅集长堤百里。从之。
初，黄河由徐州小浮桥入运，其河深且近洪，能刷洪以深河，利於运道。后渐徙沛县飞云桥及徐州大、小溜沟。至嘉靖末，决邵家口，出秦沟，由浊河口入运，河浅，迫茶城，茶城岁淤，运道数害。万历五年冬，河复南趋，出小浮桥故道，未几复堙。潘季驯之塞崔镇也，厚筑堤岸，束水归漕。嗣后水发，河臣辄加堤，而河身日高矣。於是督漕佥都御史杨一魁欲复黄河故道，请自归德以下丁家道口浚至石将军庙，令河仍自小浮桥出。又言：“善治水者，以疏不以障。年来堤上加堤，水高凌空，不啻过颡。滨河城郭，决水可灌。宜测河身深浅，随处挑浚，而於黄河分流故道，设减水石门以泄暴涨。”给事中王士性则请复老黄河故道。大略言：
“自徐而下，河身日高，而为堤以束之，堤与徐州城等。束益急，流益迅，委全力於淮而淮不任。故昔之黄、淮合，今黄强而淮益缩，不复合矣。黄强而一启天妃、通济诸闸，则灌运河如建瓴。高、宝一梗，江南之运坐废。淮缩则退而侵泗。为祖陵计，不得不建石堤护之。堤增河益高，根本大可虞也。河至清河凡四折而后入海。淮安、高、宝、盐、兴数百万生灵之命托之一丸泥，决则尽成鱼暇矣。
纷纷之议，有欲增堤泗州者，有欲开颜家、灌口、永济三河，南甃高家堰、北筑滚水坝者。总不如复河故道，为一劳永逸之计也。河故道由三义镇达叶家冲与淮合，在清河县北别有济运河，在县南盖支河耳。河强夺支河，直趋县南，而自弃北流之道，然河形固在也。自桃源至瓦子滩凡九十里，洼下不耕，无室庐填墓之碍，虽开河费钜，而故道一复，为利无穷。”
议皆未定。居敬及御史乔璧星皆请复专设总理大臣。乃命潘季驯为右都御史总督河道。
时帝从居敬言，罢老黄河议，而季驯抵官，言：“亲集故道，故老言‘铜帮铁底’，当开，但岁俭费繁，未能遽行。”又言：“黄水浊而强，汶、泗清且弱，交会茶城。伏秋黄水发，则倒灌人漕，沙停而淤，势所必至。然黄水一落，漕即从之，沙随水去，不浚自通，纵有浅阻，不过旬日。往时建古洪、内华二闸，黄涨则闭闸以遏浊流，黄退则启闸以纵泉水。近者居敬复增建镇口闸，去河愈近，则吐纳愈易。但当严闸禁如清江浦三闸之法，则河渠永赖矣。”帝方委季驯，即从其言，罢故道之议。未几，水患益甚。
十七年六月，黄水暴涨，决兽医口月堤，漫李景高口新堤，冲入夏镇内河，坏田庐，没人民无算。十月，决口塞。十八年，大溢，徐州水积城中者逾年。众议迁城改河。季驯浚魁山支河以通之，起苏伯湖至小河口，积水乃消。十九年九月，泗州大水，州治淹三尺，居民沉溺十九，浸及祖陵。而山阳复河决，江都、邵伯又因湖水下注，田庐浸伤。工部尚书曾同亨上其事，议者纷起。乃命工科给事中张贞观往泗州勘视水势，而从给事中杨其休言，放季驯归，用舒应龙为工部尚书总督河道。
二十年三月，季驯将去，条上辨惑者六事，力言河不两行，新河不当开，支渠不当浚。又著书曰河防一览，大旨在筑堤障河，束水归漕；筑堰障淮，逼淮注黄。以清刷浊，沙随水去。合则流急，急则荡涤而河深；分则流缓，缓则停滞而沙积。上流既急，则海口自辟而无待於开。其治堤之法，有缕堤以束其流，有遥堤以宽其势，有滚水坝以泄其怒。法甚详，言甚辩。然当是时，水势横溃，徐、泗、淮、扬间无岁不受患，祖陵被水。季驯谓当自消，已而不验。於是季驯言诎，而分黄导淮之议由此起矣。
贞观抵泗州言：“臣谒祖陵，见泗城如水上浮盂，盂中之水复满。祖陵自神路至三桥、丹墀，无一不被水。且高堰危如累卵，又高、宝隐祸也。今欲泄淮，当以辟海口积沙为第一义。然泄淮不若杀黄，而杀黄於淮流之既合，不若杀於未合。但杀於既合者与运无妨，杀於未合者与运稍碍。别标本，究利害，必当杀於未合之先。至於广入海之途，则自鲍家口、黄家营至鱼沟、金城左右，地势颇下，似当因而利导之。”贞观又会应龙及总漕陈於陛等言：“淮、黄同趋者惟海，而淮之由黄达海者惟清口。自海沙开浚无期，因而河身日高；自河流倒灌无已，因而清口日塞。以致淮水上浸祖陵，漫及高、宝，而兴、泰运堤亦冲决矣。今议辟清口沙，且分黄河之流於清口上流十里地，去口不远，不至为运道梗。分於上，复合於下，则冲海之力专。合必於草湾之下，恐其复冲正河，为淮城患也。塞鲍家口、黄家营二决，恐横冲新河，散溢无归。两岸俱堤，则东北清、沭、海、安洼下地不虞溃决。计费凡三十六万有奇。若海口之塞，则潮汐莫窥其涯，难施畚锸。惟淮、黄合流东下，河身涤而渐深，海口刷而渐辟，亦事理之可必者。”帝悉从其请。乃议於清口上流北岸，开腰铺支河达於草湾。
既而淮水自决张福堤。直隶巡按彭应参言：“祖陵度可无虞，且方东备倭警，宜暂停河工。”部议令河臣熟计。应龙、贞观言：“为祖陵久远计，支河实必不容已之工，请候明春倭警宁息举行。”其事遂寝。
二十一年春，贞观报命，议开归、徐达小河口，以救徐、邳之溢；导浊河入小浮桥故道，以纾镇口之患。下总河会官集议，未定。五月，大雨，河决单县黄堌口，一由徐州出小浮桥，一由旧河达镇口闸。邳城陷水中，高、宝诸湖堤决口无算。明年，湖堤尽筑塞，而黄水大涨，清口沙垫，淮水不能东下，於是挟上源阜陵诸湖与山溪之水，暴浸祖陵，泗城淹没。二十三年，又决高邮中堤及高家堰、高良涧，而水患益急矣。
先是，御史陈邦科言：“固堤束水未收刷沙之利，而反致冲决。法当用浚，其方有三。冬春水涸，令沿河浅夫乘时捞浅，则沙不停而去，一也。官民船往来，船尾悉系钯犁，乘风搜涤，则沙不宁而去，二也。仿水磨、水碓之法，置为木机，乘水滚荡，则沙不留而去，三也。至淮必不可不会黄，故高堰断不可弃。湖溢必伤堤，故周家桥溃处断不可开。已弃之道必淤满，故老黄河、草湾等处断不可。”疏下所司议。户部郎中华存礼则请复黄河故道，并浚草湾。而是时腰铺犹未开，工部侍郎沈节甫言：“复黄河未可轻议，至诸策皆第补偏救弊而已，宜概停罢。”乃召应龙还工部，时二十二年九月也。
既而给事中吴应明言：“先因黄河迁徙无常，设遥、缕二堤束水归漕，及水过沙停，河身日高，徐、邳以下居民尽在水底。今清口外则黄流阻遏，清口内则淤沙横截，强河横灌上流约百里许，淮水仅出沙上之浮流，而潴蓄於盱、泗者遂为祖陵患矣。张贞观所议腰铺支河归之草湾，或从清河南岸别开小河至骆家营、马厂等地，出会大河，建闸启闭，一遇运浅，即行此河，亦策之便者。”至治泗水，则有议开老子山，引淮水入江者。宜置闸以时启闭，拆张福堤而堤清口，使河水无南向。部议下河漕诸臣会勘。直隶巡按牛应元因谒祖陵，目击河患，绘图以进，因上疏言：
“黄高淮壅，起於嘉靖末年河臣凿徐、吕二洪巨石，而沙日停，河身日高，溃决由此起。当事者计无复之，两岸筑长堤以束，曰缕堤。缕堤复决，更於数里外筑重堤以防，曰遥堤。虽岁决岁补，而莫可谁何矣。