明初，命武臣督海运，尝建漕运使，寻罢。成祖以后用御史，又用侍郎、都御史催督，郎中、员外分理，主事督兑，其制不一。景泰二年始设漕运总督于淮安，与总兵、参将同理漕事。漕司领十二总，十二万军，与京操十二营军相准。初，宣宗令运粮总兵官、巡抚、侍郎岁八月赴京，会议明年漕运事宜，及设漕运总督，则并令总督赴京。至万历十八年后始免。凡岁正月，总漕巡扬州，经理瓜、淮过闸。总兵驻徐、邳，督过洪入闸，同理漕参政管押赴京。攒运则有御史、郎中，押运则有参政，监兑、理刑、管洪、管厂、管闸、管泉、监仓则有主事，清江、卫河有提举。兑毕过淮过洪，巡抚、漕司、河道各以职掌奏报。有司米不备，军卫船不备，过淮误期者，责在巡抚。米具船备，不即验放，非河梗而压帮停泊，过洪误期因而漂冻者，责在漕司。船粮依限，河渠淤浅，疏浚无法，闸坐启闭失时，不得过洪抵湾者，责在河道。
明初，於漕政每加优恤，仁、宣禁役漕舟，宥迟运者。英宗时始扣口粮均摊，而运军不守法度为民害。自后漕政日驰，军以耗米易私物，道售稽程。比至，反买仓米补纳，多不足数。而粮长率搀沙水於米中，河南、山东尤甚，往往蒸湿浥烂不可食。权要贷运军银以罔取利，至请拨关税给船料以取偿。漕运把总率由贿得。仓场额外科取，岁至十四万。世宗初政，诸弊多厘革，然漂流、违限二弊，日以滋甚。中叶以后，益不可究诘矣。
漕粮之外，苏、松、常、嘉、湖五府，输运内府白熟粳糯米十七万四十馀石，内折色八千馀石，各府部糙粳米四万四千馀石，内折色八千八百馀石，令民运。谓之白粮船。自长运法行，粮皆军运，而白粮民运如故。穆宗时，陆树德言：“军运以充军储，民运以充官禄。人知军运之苦，不知民运尤苦也。船户之求索，运军之欺陵，洪闸之守候，入京入仓，厥弊百出。嘉靖初，民运尚有保全之家，十年后无不破矣。以白粮令军带运甚便。”疏入，下部议。不从。
凡诸仓应输者有定数，其或改拨他镇者，水次应兑漕粮，即令坐派镇军领兑者给价，州县官督车户运至远仓，或给军价就令关支者，通谓之挖运。九边之地，输粮大率以车，宣德时，饷开平亦然，而兰、甘、松潘，往往使民背负。永乐中，又尝令广东海运二十万石给交址云。
明初，京卫有军储仓。洪武三年增置至二十所，且建临濠、临清二仓以供转运。各行省有仓，官吏俸取给焉。边境有仓，收屯田所入以给军。州县则设预备仓，东南西北四所，以振凶荒。自钞法行，颇有省革。二十四年储粮十六万石於临清，以给训练骑兵。二十八年置皇城四门仓，储粮给守御军。增京师诸卫仓凡四十一。又设北平、密云诸县仓，储粮以资北征。永乐中，置天津及通州左卫仓，且设北京三十七卫仓。益令天下府县多设仓储，预备仓之在四乡者移置城内。迨会通河成，始设仓於徐州、淮安、德州，而临清因洪武之旧，并天津仓凡五，谓之水次仓，以资转运。既，又移德州仓於临清之永清坝，设武清卫仓於河西务，设通州卫仓於张家湾。宣德中，增造临清仓，容三百万石。增置北京及通州仓。京仓以御史、户部官、锦衣千百户季更巡察。外仓则布政、按察、都司关防之。各仓门，以致仕武官二，率老幼军丁十人守之，半年一更。英宗初，命廷臣集议，天下司府州县，有仓者以卫所仓属之，无仓者以卫所改隶。惟辽东、甘肃、宁夏、万全及沿海卫所，无府州县者仍其旧。正统中，增置京卫仓凡七。自兑运法行，诸仓支运者少，而京、通仓不能容，乃毁临清、德州、河西务仓三分之一，改为京、通仓。景泰初，移武清卫诸仓於通州。成化初，废临、德预备仓在城外者，而以城内空廒储预备米。名临清者曰常盈，德州者曰常丰。凡京仓五十有六，通仓十有六。直省府州县、藩府、边隘、堡站、卫所屯戍皆有仓，少者一二，多者二三十云。
预备仓之设也，太祖选耆民运钞籴米，以备振济，即令掌之。天下州县多所储蓄，后渐废驰。于谦抚河南、山西，修其政。周忱抚南畿，别立济农仓。他人不能也。正统时，重侵盗之罪，至佥妻充军。且定纳谷千五百石者，敕奖为义民，免本户杂役。凡振饥米一石，俟有年，纳稻谷二石五斗还官。弘治三年限州县十里以下积万五千石，二十里积二万石；卫千户所万五千石，百户所三百石。考满之日，稽其多寡以为殿最。不及三分者夺俸，六分以上降调。十八年令赎罪赃罚，皆籴谷入仓。正德中，令囚纳纸者，以其八折米入仓。军官有犯者，纳谷准立功。初，预备仓皆设仓官，至是革，令州县官及管粮仓官领其事。嘉靖初，谕德顾鼎臣言：“成、弘时，每年以存留馀米入预备仓，缓急有备。今秋粮仅足兑运，预备无粒米。一遇灾伤，辄奏留他粮及劝富民借谷，以应故事。乞急复预备仓粮以裕民。”帝乃令有司设法多积米谷，仍仿古常平法，春振贫民，秋成还官，不取其息。府积万石，州四五千石，县二三千石为率。既，又定十里以下万五千石，累而上之，八百里以下至十九万石。其后积粟尽平粜，以济贫民，储积渐减。隆庆时，剧郡无过六千石，小邑止千石。久之数益减，科罚亦益轻。万历中，上州郡至三千石止，而小邑或仅百石。有司沿为具文，屡下诏申饬，率以虚数欺罔而已。
弘治中，江西巡抚林俊尝请建常平及社仓。嘉靖八年乃令各抚、按设社仓。令民二三十家为一社，择家殷实而有行义者一人为社首，处事公平者一人为社正，能书算者一人为社副，每朔望会集，别户上中下，出米四斗至一斗有差，斗加耗五合，上户主其事。年饥，上户不足者量贷，稔岁还仓。中下户酌量振给，不还仓。有司造册送抚、按，岁一察核。仓虚，罚社首出一岁之米。其法颇善，然其后无力行者。
两京库藏，先后建设，其制大略相同。内府凡十库：内承运库，贮缎匹、金银、宝玉、齿角、羽毛，而金花银最大，岁进百万两有奇。广积库，贮硫黄、硝石。甲字库，贮布匹、颜料。乙字库，贮胖袄、战鞋、军士裘帽。丙字库，贮棉花、丝纩。丁字库，贮铜铁、兽皮、苏木。戊字库，贮甲仗。赃罚库，贮没官物。广惠库，贮钱钞。广盈库，贮纻丝、纱罗、绫锦、绢。六库皆属户部，惟乙字库属兵部，戊字、广积、广盈库属工部。又有天财库，亦名司钥库，贮各衙门管钥，亦贮钱钞。供用库，贮粳稻、熟米及上供物。以上通谓之内库。其在宫内者，又有内东裕库、宝藏库，谓之里库。凡里库不关於有司。其会归门、宝善门迤东及南城磁器诸库，则谓之外库。若内府诸监司局，神乐堂，牺牲所，太常、光禄寺，国子监，皆各以所掌，收贮应用诸物。太仆则马价银归之。明初，尝置行用库於京城及诸府州县，以收易昏烂之钞。仁宗时罢。
英宗时，始设太仓库。初，岁赋不徵金银，惟坑冶税有金银，入内承运库。其岁赋偶折金银者，俱送南京供武臣禄。而各边有缓急，亦取足其中。正统元年改折漕粮，岁以百万为额，尽解内承运库，不复送南京。自给武臣禄十馀万两外，皆为御用。所谓金花银也。七年乃设户部太仓库。各直省派剩麦米，十库中绵丝、绢布及马草、盐课、关税，凡折银者，皆入太仓库。籍没家财，变卖田产，追收店钱，援例上纳者，亦皆入焉。专以贮银，故又谓之银库。弘治时，内府供应繁多，每收太仓银入内库。又置南京银库。正德时，内承运库中官数言内府财用不充，请支太仓银。户部执奏不能沮。嘉靖初，内府供应视弘治时，其后乃倍之。初，太仓中库积银八百馀万两，续收者贮之两庑，以便支发。而中库不动，遂以中库为老库，两庑为外库。及是时，老库所存者仅百二十万两。二十二年特令金花、子粒银应解内库者，并送太仓备边用，然其后复入内库。三十七年令岁进内库银百万两外，加预备钦取银，后又取没官银四十万两入内库。隆庆中，数取太仓银入内库，承运库中官至以空紥下户部取之。廷臣疏谏，皆不听。又数取光禄太仆银，工部尚书朱衡极谏，不听。初，世宗时，太仓所入二百万两有奇。至神宗万历六年，太仓岁入凡四百五十馀万两，而内库岁供金花银外，又增买办银二十万两以为常，后又加内操马刍料银七万馀两。久之，太仓、光禄、太仆银，括取几尽。边赏首功，向发内库者，亦取之太仆矣。
凡甲字诸库，主事偕科道巡视。太仓库，员外郎、主事领之，而以给事中巡视。嘉靖中，始两月一报出纳之数。时修工部旧库，名曰节慎库，以贮矿银。尚书文明以给工价，帝诘责之，令以他银补偿，自是专以给内用焉。
其在外诸布政司、都司、直省府州县卫所皆有库，以贮金银、钱钞、丝帛、赃罚诸物。巡按御史三岁一盘查。各运司皆有库贮银，岁终，巡盐御史委官察之。凡府州县税课司局、河泊所，岁课、商税、鱼课、引由、契本诸课程，太祖令所司解州县府司，以至於部，部札之库，其元封识，不擅发也。至永乐时，始委验勘，中，方起解；至部复验，同，乃进纳。嘉靖时，建验试厅，验中，给进状寄库。月逢九，会巡视库藏科道官，进库验收，不堪者驳易。正统十年设通济库於通州。世宗时罢。隆庆初，密云、蓟州、昌平诸镇皆设库，收贮主客年例、军门公费及抚赏、修边银云。
凡为仓库害者，莫如中官。内府诸库监收者，横索无厌。正德时，台州卫指挥陈良纳军器，稽留八载，至乞食於市。内府收粮，增耗尝以数倍为率，其患如此。诸仓初不设中官，宣德末，京、通二仓始置总督中官一人，后淮、徐、临、德诸仓亦置监督，漕輓军民被其害。世宗用孙交、张孚敬议，撤革诸中官，惟督诸仓者如故。久之，从给事中管怀理言，乃罢之。
初，天下府库各有存积，边饷不借支於内，京师不收括於外。成化时，巡盐御史杨澄始请发各盐运提举司赃罚银入京库。弘治时，给事中曾昂请以诸布政司公帑积贮征徭羡银，尽输太仓。尚书周经力争之，以为有不足者，以识造、赏赉、斋醮、土木之故，必欲尽括天下财，非藏富於民意也。至刘瑾用事，遂令各省库藏尽输京师。世宗时，闽、广进羡馀，户部请责他省巡按，岁一奏献如例。又以太仓库匮，运南户部库银八十万两实之。而户部条上理财事宜，临、德二仓积银二十万两，录以归太仓。隆庆初，遣四御史分行天下，搜括库银。神宗时，御史萧重望请核府县岁额银进部，未报上。千户何其贤乞敕内官与己督之，帝竟从其请，由是外储日就耗。至天启中，用操江巡抚范济世策，下敕督岁进，收括靡有遗矣。南京内库颇藏金银珍宝，魏忠贤矫旨取进，盗窃一空。内外匮竭，遂至於亡。