十三年，南京太庙灾。礼部尚书湛若水请权将南京太庙香火并于南京奉先殿，重建太庙，补造列圣神主。帝召尚书言与群臣集议。言会大学士张孚敬等言：“国有二庙，自汉惠始。神有二主，自齐桓始。周之三都庙，乃迁国立庙，去国载主，非二庙二主也。子孙之身乃祖宗所依，圣子神孙既亲奉祀事于此，则祖宗神灵自当陟降于此。今日正当专定庙议，一以此地为根本。南京原有奉先殿，其朝夕香火，当合并供奉如常。太庙遗址当仿古坛墠遗意，高筑墙垣，谨司启闭，以致尊严之意。”从之。
时帝欲改建九庙。夏言因言：“京师宗庙，将复古制，而南京太庙遽灾，殆皇天列祖佑启默相，不可不灵承者。”帝悦，诏春和兴工。诸臣议于太庙南，左为三昭庙，与文祖世室而四，右为三穆庙。群庙各深十六丈有奇，而世室殿寝稍崇，纵横深广，与群庙等。列庙总门与太庙戟门相并，列庙后垣与太庙祧庙后墙相并。具图进。帝以世室尚当隆异，令再议。言等请增拓世室前殿，视群庙崇四尺有奇，深广半之；寝殿视群庙崇二尺有奇，深广如之。报可。十四年正月，谕阁臣：“今拟建文祖庙为世室，则皇考世庙字当避。”张孚敬言：“世庙著《明伦大典》，颁诏四方，不可改。文世室宜称太宗庙。其余群庙不用宗字，用本庙号，他日递迁，更牌额可也。”从之。二月，尽撤故庙改建之。诸庙各为都宫，庙各有殿有寝。太祖庙寝后有祧庙，奉祧主藏焉。太庙门殿皆南向，群庙门东西向，内门殿寝皆南向。十五年十二月，新庙成，更创皇考庙曰睿宗献皇帝庙。帝乃奉安德、懿、熙、仁四祖神主于祧庙，太祖神主于太庙，百官陪祭如仪。翌日，奉安太宗以下神主，列于群庙，命九卿正官及武爵重臣，俱诣太宗庙陪祭。文三品以上，武四品以上，分诣群庙行礼。又择日亲捧太祖神主，文武大臣捧七宗神主，奉安于景神殿。
二十年四月，太庙灾，成祖、仁宗主毁，奉安列圣主于景神殿。遣大臣诣长陵、献陵告题帝后主，亦奉安景神殿。二十二年十月，以旧庙基隘，命相度规制。议三上，不报。久之，乃命复同堂异室之旧，庙制始定。二十四年六月，礼部尚书费寀等以太庙安神，请定位次。帝曰：“既无昭穆，亦无世次，只序伦理。太祖居中，左四序成、宣、宪、睿，右四序仁、英、孝、武。皆南向。’七月，以庙建礼成，百官表贺，诏天下。新庙仍在阙左，正殿九间，前两庑，南戟门。门左神库，右神厨。又南为庙门，门外东南宰牲亭，南神宫监，西庙街门。正殿后为寝殿，奉安列圣神主，又后为祧庙，藏祧主，皆南向。
二十七年，帝欲祔孝烈皇后方氏于太庙，而祧仁宗。大学士严嵩、礼部尚书徐阶等初皆持不可，既而不能坚其议。二十九年十一月，祧仁宗，遂祔孝烈于西第四室。隆庆六年八月，穆宗将祔庙，敕礼臣议当祧庙室。礼科陆树德言：“宣宗于穆宗仅五世，请仍祔睿宗于世庙，而宣宗勿祧。”疏下礼部，部议宣宗世次尚近，祧之未安。因言：“古者以一世为一庙，非以一君为一世，故晋之庙十一室而六世，唐之庙十一室而九世。宋自太祖上追四祖至徽宗，始定为九世十一室之制，以太祖、太宗同为一世故也。其后徽宗祔以与哲宗同一世，高宗祔以与钦宗同一世，皆无所祧，及光宗升祔，增为九世十二室。今自宣宗至穆宗凡六世，上合二祖仅八世，准以宋制，可以无祧，但于寝殿左右各增一室，则尊祖敬宗，并行不悖矣。”帝命如旧敕行，遂祧宣宗。天启元年七月，光宗将祔庙。太常卿洪文衡请无祧宪宗，而祧睿宗。不听。
禘佩
洪武元年祫飨太庙。德祖皇考妣居中。南向。懿祖皇考妣东第一位，西向。熙祖皇考妣西第一位，东向。仁祖皇考妣东第二位，西向。七年，御史答禄与权言：“皇上受命七年而禘祭未举。宜参酌古今，成一代之典。”诏下礼部、太常司、翰林院议，以为：“虞、夏、商、周世系明白，故禘礼可行。汉、唐以来，莫能明其始祖所自出，当时所谓禘祭，不过祫已祧之祖而祭之，乃古之大祫，非禘也。宋神宗尝曰：‘禘者，所以审谛祖之所自出。’是则莫知祖之所自出，禘礼不可行也。今国家追尊四庙，而始祖所自出者未有所考，则禘难遽行。”太祖是其议。弘治元年，定每岁暮奉祧庙懿祖神座于正殿左，居熙祖上，行祫祭之礼。
嘉靖十年，世宗以禘祫义询大学士张璁，令与夏言议。言撰《禘义》一篇献之，大意谓：“自汉以下，谱牒难考，欲如虞夏之禘黄帝，商周之禘帝喾，不能尽合。谨推明古典，采酌先儒精微之论，宜为虚位以祀。”帝深然之。会中允廖道南谓朱氏为颛顼裔，请以《太祖实录》为据，禘颛顼。遂诏礼部以言、道南二疏，会官详议。诸臣咸谓：“称虚位者茫昧无据，尊颛顼者世远难稽。庙制既定高皇帝始祖之位，当禘德祖为正。”帝意主虚位，令再议。而言复疏论禘德祖有四可疑，且言今所定太祖为太庙中之始祖，非王者立始祖庙之始祖。帝并下其章。诸臣乃请设虚位，以禘皇初祖，南向，奉太祖配，西向。礼臣因言，大祫既岁举，大禘请三岁一行，庶疏数适宜。帝自为文告皇祖，定丙、辛岁一行，敕礼部具仪择日。四月，礼部上大禘仪注。前期告庙，致斋三日，备香帛牲醴如时享仪。锦衣卫设仪卫，太常卿奉皇初祖神牌、太祖神位于太庙正殿，安设如图仪。至日行礼，如大祀圜丘仪。及议祧德祖，罢岁除祭，以冬季中旬行大祫礼。太常寺设德祖神位于太庙正中，南向。懿祖而下，以次东西向。
十五年，复定庙飨制。立春犆享，各出主于殿。立夏、立秋、立冬出太祖、成祖七宗主，飨太祖殿，为时祫。季冬中旬，卜日出四祖及太祖、成祖七宗主，飨太祖殿，为大祫。祭毕，各归主于其寝。十七年定大祫祝文。九庙帝后谥号俱全书，时祫止书某祖、某宗某皇帝。更定季冬大祫日，奉德、懿、熙、仁及太祖异室皆南向，成祖西向北上，仁宗以下七宗东西相向。二十年十一月，礼官议，岁暮大祫，当陈祧主，而景神殿隘，请暂祭四祖于后寝，用连几，陈笾豆，以便周旋。诏可。二十二年，定时享、大祫，罢出主、上香、奠献等仪，临期捧衣冠出纳。太常及神宫监官奉行。二十四年，罢季冬中旬大祫，并罢告祭，仍以岁除日行大祫，礼同时享。二十八年，复告祭仪。穆宗即位，礼部以大行皇帝服制未除，请遵弘治十八年例，岁暮大祫、孟春时享两祭，皆遣官摄事。乐设而不作，帝即丧次致斋，陪祀官亦在二十七日之内，宜令暂免。从之。
时享
洪武元年，定宗庙之祭，每岁四孟及岁除，凡五享。学士陶安等言：“古者四时之祭，三祭皆合享于祖庙，惟春祭于各庙。自汉而下，庙皆同堂异室，则四时皆合祭。今宜仿近制，合祭于第一庙，庶适礼之中，无烦渎也。”太祖命孟春特祭于各庙，三时及岁除则祫佩祭于德祖庙。二年，定时享之制，春以清明，夏以端午，秋以中元，冬以冬至。岁除如旧。三年，礼部尚书崔亮言：“孟月者，四时之首。因时变，致孝思，故备三牲黍稷品物以祭。至仲季之月，不过荐新而已。既行郊祀，则庙享难举，宜改从旧制。其清明等节，各备时物以荐。”从之。九年，新建太庙。凡时享，正殿中设德祖帝后神座，南向。左懿祖，右熙祖，东西向。仁祖次懿祖。凡神座俱不奉神主，止设衣冠。礼毕，藏之。孟春择上旬日，三孟用朔日，及岁除皆合享。自是五享皆罢特祭，而行合配之礼。二十一年，定时享仪。更前制，迎神四拜，饮福四拜，礼毕四拜。二十五年，定时享。若国有丧事，乐备而不作。
正统三年正月，享太庙。礼部言，故事，先三日，太常寺奏祭祀，御正殿受奏。是日，宣宗皇帝忌辰，例不鸣钟鼓，第视事西角门。帝以祭祀重事，仍宜升殿，馀悉遵永乐间例行之。天顺六年，阁臣以皇太后丧，请改孟冬时享于除服后。从之。成化四年，礼部以慈懿太后丧，请改孟秋享庙于初七日。不从。
嘉靖十一年，大学士张孚敬等言：“太庙祭祀，但设衣冠。皇上改行出主，诚合古礼。但遍诣群庙，躬自启纳，不免过劳。今请太祖神主，躬自安设。群庙帝后神主，则以命内外捧主诸臣。”帝从其请。十七年，定享祫礼，凡立春特享，亲祭太祖，遣大臣八人分献诸帝，内臣八人分献诸后。立夏时祫，各出主于太庙。太祖南向，成祖西向，序七宗之上，仁、宣、英、宪、孝、睿、武宗东西相向。秋冬时祫，如夏礼。二十四年，新庙成，复定享祫止设衣冠，不出主。隆庆元年，孟夏时享，以世宗几筵未撤，遵正德元年例，先一日，帝常服祭告几筵，祗请诸庙享祀。其后，时享、祫祭在大祥内者，皆如之。
荐新
洪武元年，定太庙月朔荐新仪物：正月，韭、荠、生菜、鸡子、鸭子。二月，水芹、蒌蒿、台菜、子鹅。三月，茶、笋、鲤鱼、鮆鱼。四月，樱桃、梅、杏、鲥鱼、雉。五月，新麦、王瓜、桃、李、来禽、嫩鸡。六月，西瓜、甜瓜、莲子、冬瓜。七月，菱、梨、红枣、蒲萄。八月，芡、新米、藕、茭白、姜、鳜鱼。九月，小红豆、栗、柿、橙、蟹、鳊鱼。十月，木瓜、柑、橘、芦菔、兔、雁。十一月，荞麦、甘蔗、天鹅、鹚〈老鸟〉、鹿。十二月，芥菜、菠菜、白鱼、鲫鱼。其礼皆天子躬行。未几，以属太常。二年诏，凡时物，太常先荐宗庙，然后进御。三年，定朔日荐新，各庙共羊一、豕一、笾豆八、簠簋登鉶各二、酒尊三，及常馔鹅羹饭。太常卿及与祭官法服行礼。望祭，止常馔鹅羹饭，常服行礼。又有献新之仪，凡四方别进新物，在月荐外者，太常卿与内使监官常服献于太庙。不行礼。其后朔望祭祀，及荐新、献新，俱于奉先殿。
加上谥号
洪武元年，追尊四庙谥号，册宝皆用玉。册简长尺二寸，广一寸二分，厚五分，简数从文之多寡。联以金绳，藉以锦褥，覆以红罗泥金夹帕，册匣朱漆镂金，龙凤文。其宝篆文，广四寸九分，厚一寸二分，金盘龙纽，系以锦绶，裹以红锦，加帕纳于盝，盝装以金。德祖册文曰：“孝玄孙嗣皇帝臣某，再拜稽首上言：臣闻尊敬先世，人之至情，祖父有天下，传之子孙，子孙有天下，追尊祖父，此古今通义也。臣遇天下兵起，躬披甲胄，调度师旅，戡定四方，以安人民，土地日广。皆承祖宗之庇。臣庶推臣为皇帝，而先世考妣未有称号。谨上皇高祖考府君尊号曰玄皇帝，庙号德祖。伏惟英爽。鉴此孝思。”其宝文曰“德祖玄皇帝之宝”。玄皇后、懿祖以下，帝后册宝并同。建文时，追尊谥册之典，以革除无考。
永乐元年五月，进高皇帝、高皇后谥议。前一日，于奉天殿中设谥议案。是日早，帝衮冕升殿，如常仪。文武官朝服四拜。礼部官奏进尊谥议。序班二员引班首升丹陛，捧谥议官以谥议文授班首，由中门入，至殿中。赞进尊谥议。驾兴，诣谥议文案。班首进置于案，跪，百官皆跪。帝览毕，复坐。班首与百官俯伏兴，复位，再行四拜。礼毕。帝亲举谥议，付翰林院臣撰册文。
六月，以上尊谥，先期斋戒，遣官祭告天地、宗庙、社稷。鸿胪寺设香案于奉天殿。是日早，内侍以册宝置于案。太常寺于太庙门外丹陛上，皇考、皇妣神御前各设册宝案。鸿胪寺设册宝舆于奉天门外，卤簿、乐悬如常仪。百官祭服诣太庙门外立俟，执事官并宣册宝官，先从太庙右门入，序立殿右。帝衮冕御华盖殿，捧册宝官四员祭服，于奉天殿东西序立。鸿胪寺奏请行礼。帝出奉天殿册宝案前，捧册宝官各捧前行，置彩舆内，卤簿大乐前导。帝乘舆，随彩舆行。至午门外降舆，升辂，至太庙门。百官跪俟彩舆过，兴。帝降辂，随彩舆至太庙中门外。捧册宝官各捧前行，帝随行，至丹陛上。捧册宝置于案，典仪传唱如常，内赞奏就位，典仪奏迎神奏乐。乐止，内赞奏帝四拜，百官同。典仪奏进册宝，捧册宝官前行，驾由左门入，至庙中，诣皇考神御前。奏跪，搢圭。奏进册，捧册官跪进于帝左，帝受册以授执事官，置于案左，奏出圭，赞宣册，宣册官跪宣于帝左。册文曰：“惟永乐元年，岁次癸未，六月丁未朔，越十一日丁巳，孝子嗣皇帝臣某，谨拜手稽首言：臣闻俊德赞尧，重华美舜，禹、汤、文、武，列圣相承，功德并隆，咸膺显号。钦惟皇考皇帝，统天肇运，奋自布衣，戡定祸乱，用夏变夷，以孝治天下。四十馀年，民乐永熙，礼乐文章，垂宪万世，德合乾坤，明同日月，功超千古，道冠百王。谨奉册宝，上尊谥曰圣神文武钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝，庙号太祖。伏惟神灵陟降，阴骘下民，覆帱无极，与天常存。”宣册讫，奏搢圭。奏进宝，捧宝官以宝跪进于帝左。帝受宝，以授执事官，置于案右。奏出圭。赞宣宝，宣宝官跪宣于帝右，宝文如谥号。宣宝讫，奏俯伏，兴。帝诣皇妣神御前，进宣册宝如前仪。册文曰：“臣闻自古后妃，皆承世绪。妫汭嫔虞，发祥帝室，周姜辅治，肇基邦君。钦惟皇妣孝慈皇后，以圣辅圣，同起侧微，弘济艰难，化家为国。克勤克俭，克敬克诚，克孝克慈，以奉神灵之统，理万物之宜。正位中宫十有五年，家邦承式，天下归仁。谨奉册宝，上尊谥曰孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后。伏惟圣灵陟降，膺慈显名，日月光华，照临永世。”宝文如谥号。宣宝讫，帝复位。奏四拜，百官同。行祭礼如常仪。翌日，颁诏天下。以上谥礼成，赐陪祀执事官宴，馀官人赐钞一锭。