嘉靖九年，大学士张璁言：“先师祀典，有当更正者。叔梁纥乃孔子之父，颜路、曾昽、孔鲤乃颜、曾、子思之父，三子配享庙庭，纥及诸父从祀两庑，原圣贤之心岂安？请于大成殿后，别立室祀叔梁纥，而以颜路、曾昽、孔鲤配之。”帝以为然。因言：“圣人尊天与尊亲同。今笾豆十二，牲用犊，全用祀天仪，亦非正礼。其谥号、章服悉宜改正。”璁缘帝意，言：“孔子宜称先圣先师，不称王。祀宇宜称庙，不称殿。祀宜用木主，其塑像宜毁。笾豆用十，乐用六佾。配位公侯伯之号宜削，止称先贤先儒。其从祀申党、公伯寮、秦冉等十二人宜罢，林放、蘧瑗等六人宜各祀于其乡，后苍、王通、欧阳修、胡瑗、蔡元定宜从祀。”
帝命礼部会翰林诸臣议。编修徐阶疏陈易号毁像之不可。帝怒，谪阶官，乃御制《正孔子祀典说》，大略谓孔子以鲁僣王为非，宁肯自僣天子之礼？复为《正孔子祀典申记》，俱付史馆。璁因作《正孔子庙祀典或问》奏之。帝以为议论详正，并令礼部集议。于是御史黎贯等言：“圣祖初正祀典，天下岳渎诸神皆去其号，惟先师孔子如故，良有深意。陛下疑孔子之祀上拟祀天之礼。夫子以不可及也，犹天之不可阶而升，虽拟诸天，亦不为过。自唐尊孔子为文宣王，已用天子礼乐。宋真宗尝欲封孔子为帝，或谓周止称王，不当加帝号。而罗从彦之论，则谓加帝号亦可。至周敦颐则以为万世无穷王祀孔子，邵雍则以为仲尼以万世为王。其辨孔子不当称王者，止吴澄一人而已。伏望博考群言，务求至当。”时贯疏中言：“莫尊于天地，亦莫尊于父师。陛下敬天尊亲，不应独疑孔子王号为僣。”帝因大怒，疑贯借此以斥其追尊皇考之非，诋为奸恶，下法司会讯，褫其职。给事中王汝梅等亦极言不宜去王号，帝皆斥为谬论。
于是礼部会诸臣议：“人以圣人为至，圣人以孔子为至。宋真宗称孔子为至，宋真宗称孔子为至圣，其意已备。今宜于孔子神位题至圣先师孔子，去其王号及大成、文宣之称。改大成殿为先师庙，大成门为庙门。其四配称复圣颜子、宗圣曾子、述圣子思子、亚圣孟子。十哲以下凡及门弟子，皆称先贤某子。左丘明以下，皆称先儒某子，不复称公侯伯。遵圣祖首定南京国子监规制，制木为神主。仍拟大小尺寸，著为定式。其塑像即令屏撤。春秋祭祀，遵国初旧制，十笾十豆。天下各学，八笾八豆。乐舞止六佾。凡学别立一祠，中叔梁纥，题启圣化孔氏神位，以颜无繇、曾点、孔鲤、孟孙氏配，俱称先贤某氏，至从祀之贤，不可不考其得失。申党即申枨，厘去其一。公伯寮、秦冉、颜何、荀况、戴圣、刘向、贾逵、马融、何休、王肃、王弼、杜预、吴澄罢祀。林放、蘧瑗、卢植、郑众、郑玄、服虔、范宁各祀于其乡。后苍、王通、欧阳修、胡瑗宜增入。”命悉如议行。又以行人薛侃议，进陆九渊从祀。
初，洪武时，司业宋濂请去像设主，礼仪乐章多所更定，太祖不允。成、弘间，少詹程敏政尝谓马融等八人当斥。给事中张九功推言之，并请罢荀况、公伯寮、蘧瑗等，而进后苍、王通、胡瑗。为礼官周洪谟所却而止。至是以璁力主，众不敢违。毁像盖用濂说，先贤去留，略如九功言。其进欧阳修，则以濮议故也。
明年，国子监建启圣公祠成。从尚书李时言，春秋祭祀，与文庙同日。笾豆牲帛视四配，东西配位视十哲，从祀先儒程晌、朱松、蔡元定视两庑。辅臣代祭文庙，则祭酒祭启圣祠。南京祭酒于文庙，司业于启圣祠。遂定制，殿中先师南向，四配东西向。稍后十哲：闵子损、冉子雍、端木子赐、仲子由、卜子商、冉子耕、宰子予、冉子求、言子偃、颛孙子师皆东西向。两庑从祀：先贤澹台灭明、宓不齐、原宪、公冶长、南宫适、高柴、漆雕开、樊须、司马耕、公西赤、有若、琴张、申枨、陈亢、巫马施、梁鳣、公昽哀、商瞿、冉孺、颜辛、伯虔、曹恤、冉季、公孙龙、漆雕哆、秦商、漆雕徒父、颜高、商泽、壤驷赤、任不齐、石作蜀、公良孺、公夏首、公肩定、后处、鄡单、奚容蒧、罕父黑、颜祖、荣旂、秦祖、左人郢、句井疆、郑国、公祖句兹、原亢、县成、廉洁、燕伋、叔仲会、颜之仆、邽巽、乐欬、公西舆如、狄黑、孔忠、公西蒧、步叔乘、施之常、秦非、颜哙，先儒左丘明、公羊高、谷梁赤、伏胜、高堂生、孔安国、毛苌、董仲舒、后苍、杜子春、王通、韩愈、胡瑗、周敦颐、程颢、欧阳修、邵雍、张载、司马光、程颐、杨时、胡安国、朱熹、张栻、陆九渊、吕祖谦、蔡沈、真德秀、许衡凡九十一人。
隆庆五年，以薛瑄从祀。万历中，以罗从彦、李侗从祀。十二年，又以陈献章、胡居仁、王守仁从祀。二十三年，以宋周敦颐父辅成从祀启圣祠。又定每岁仲春、秋上丁日御殿传制，遣大臣祭先师及配位。其十哲以翰林官、两庑以国子监官各二员分献。每月朔，及每科进士行释菜礼。司府州县卫学各提调官行礼。牲用少牢，乐如太学。京府及附府县学，止行释菜礼。崇祯十五年，以左丘明亲授经于圣人，改称先贤。并改宋儒周、二程、张、朱、邵六子亦称先贤，位七十子下，汉唐诸儒之上。然仅国学更置之，阙里庙廷及天下学宫未遑颁行也。
旗纛
旗纛之祭有四。其一，洪武元年，礼官奏：“军行旗纛所当祭者，旗谓牙旗。黄帝出军诀曰：‘牙旗者，将军之精，一军之形侯。凡始竖牙，必祭以刚日。’纛，谓旗头也。《太白阴经》曰：‘大将中营建纛。天子六军，故用六纛。牦牛尾为之，在左騑马首。’唐、宋及元皆有旗纛之祭。今宜立庙京师，春用惊蛰，秋用霜降日，遣官致祭。”乃命建庙于都督府治之后，以都督为献官，题主曰军牙之神、六纛之神。七年二月，诏皇太子率诸王诣阅武场祭旗纛，为坛七，行三献礼。后停春祭，止霜降日祭于教场。其二，岁暮享太庙日，祭旗纛于承天门外。其三，旗纛庙在山川坛左。初，旗纛与太岁诸神合祭于城南。九年，别建庙。每岁仲秋，天子躬祀山川之日，遣旗手卫官行礼。其正祭，旗头大将、六纛大将、五方旗神、主宰战船正神、金鼓角铳炮之神、弓弩飞枪飞石之神、阵前阵后神祇五昌等众，凡七位，共一坛，南向。皇帝服皮弁，御奉天殿降香。献官奉以从事。祭物视先农，帛七，黑二白五。瘗毛血、望燎，与风云雷雨诸神同。祭毕，设酒器六于地。刺雄鸡六，沥血以衅之。其四，永乐后，有神旗之祭，专祭火雷之神。每月朔望，神机营提督官祭于教场。牲用少牢。凡旗纛皆藏内府，祭则设之。
王国祭旗纛，则遣武官戎服行礼。天下卫所于公署后立庙，以指挥使为初献官。僚属为亚献、终献。仪物杀京都。
五祀
洪武二年定制，岁终腊享，通祭于庙门外。八年，礼部奏：“五祀之礼，周、汉、唐、宋不一。今拟孟春祀户，设坛皇宫门左，司门主之。孟夏祀灶，设坛御厨，光禄寺官主之。季夏祀中霤，设坛乾清宫丹墀，内官主之。孟秋祀门，设坛午门左，司门主之。孟冬祀井，设坛宫内大庖井前，光禄寺官主之。四孟于有事太庙之日，季夏于土旺之日，牲用少牢。”制可。从定中霤于奉天殿外文楼前。又岁暮合祭五祀于太庙西庑下，太常寺官行礼。
马神
洪武二年命祭马祖、先牧、马社、马步之神，筑坛后湖。礼官言：“《周官》春祭马祖，天驷星也；夏祭先牧，始养马者；秋祭马社，始乘马者；冬祭马步，乃神之灾害马者。隋用周制，祭以四仲之月。唐、宋因之。今定春、秋二仲月，甲、戊、庚日，遣官致祀。为坛四，乐用时乐，行三献礼。”四年，蜀明升献良马十，其一白者，长丈余，不可加鞯勒。太祖曰：“天生英物，必有神司之。”命太常以少牢祀马祖，囊沙四百斤压之，令人骑而游苑中，久之渐驯。帝乘之以夕月于清凉山。比还，大悦，赐名飞越峰。复命太常祀马祖。五年，并诸神为一坛，岁止春祭。永乐十二年，立北京马神祠于莲花池。其南京马神，则南太仆主之。
南京神庙
初称十庙。北极真武以三月三日、九月九日，道林真觉普济禅师宝志以三月十八日，都城隍以八月祭帝王后一日，祠山广惠张王渤以二月十八日，五显灵顺以四月八日、九月二十八日，皆南京太常寺官祭。汉秣陵尉蒋忠烈公子文、晋成阳卞忠贞公壸、宋济阳曹武惠王彬、南唐刘忠肃王仁瞻、元卫国忠肃公福寿俱以四孟朔，岁除，应天府官祭。惟蒋庙又有四月二十六日之祭。并功臣庙为十一。后复增四：关公庙，洪武二十七年建于鸡笼山之阳，称汉前将军寿亭侯。嘉靖十年订其误，改称汉前将军汉寿亭侯。以四孟岁暮，应天府官祭，五月十三日，南京太常寺官祭。天妃，永乐七年封为护国庇民妙灵昭应弘仁普济天妃，以正月十五日、三月二十三日，南京太常寺官祭。太仓神庙，以仲春、秋望日，南京户部官祭。司马、马祖、先牧神庙，以春、秋仲月中旬，择日南京太仆寺官祭。诸庙皆少牢，真武与真觉禅师素羞。
功臣庙
太祖既以功臣配享太庙，又命别立庙于鸡笼山。论次功臣二十有一人，死者塑像，生者虚其位。正殿：中山武宁王徐达、开平忠武王常遇春、岐阳武靖王李文忠、宁河武顺王邓愈、东瓯襄武王汤和、黔宁昭靖王沐英。羊二，豕二。西序：越国武庄公胡大海、梁国公赵德胜、巢国武壮公华高、虢国忠烈公俞通海、江国襄烈公吴良、安国忠烈公曹良臣、黔国威毅公吴复、燕山忠愍侯孙兴祖。东序：郢国公冯国用、西海武壮公耿再成、济国公丁德兴、蔡国忠毅公张德胜、海国襄毅公吴桢、蕲国武义公康茂才、东海郡公茅成。羊二，豕二。两庑各设牌一，总书“故指挥千百户卫所镇抚之灵”。羊十，豕十。以四孟岁暮，遣驸马都尉祭。
初，胡大海等殁，命肖像于卞壸、蒋子文之庙。及功臣庙成，移祀焉。永乐三年，以中山王勋德第一，又命正旦、清明、中元、孟冬、冬至遣太常寺官祭于大功坊之家庙，牲用少牢。