三十九年春正月丙戌，俺答犯宣府。二月丁巳，南京振武营兵变，杀总督粮储侍郎黄懋官。戊午，振顺天、永平饥。倭犯潮州。三月癸未，大同总兵官刘汉袭败兀慎于灰河。丁亥，打来孙犯广宁，陷中前所。杀守备武守爵、黄廷勋。夏五月壬午，振山西三关饥。壬辰，盗入广东博罗县，杀知县舒颛。秋七月乙丑朔，把都儿犯蓟西，游击胡镇御却之。庚午，刘汉袭俺答于丰州，破之。九月己巳，俺答犯朔州、广武。冬十二月，土蛮犯海州东胜堡。是月，闽、广贼犯江西。是年，免畿内、山西、山东、湖广、陕西被灾税粮。暹罗入贡。
四十年春二月辛卯朔，日当食，不见。振山东饥。丁未，景王之国。三月壬戌，振京师饥。夏四月丁未，振山西饥。五月乙亥，李本以忧去。闰月丙辰，贼犯泰和，杀副使汪一中、指挥王应鹏。秋七月己丑朔，日有食之。庚戌，俺答犯宣府，副总兵马芳御却之。九月庚子，犯居庸关，参将胡镇御却之。辛丑，振南畿灾。冬十一月甲午，礼部尚书袁炜为户部尚书兼武英殿大学士，预机务。庚戌，吉能犯宁夏，进逼固原，辛亥，万寿宫灾。十二月丙寅，把都儿犯辽东盖州。是年，乌斯藏入贡。
四十一年春三月辛卯，白兔生子，礼部请告庙，许之，群臣表贺。壬寅，赐申时行等进士及第、出身有差。己酉，重作万寿宫成。夏五月壬寅，严嵩罢。壬子，土蛮攻汤站堡，副总兵黑春力战死。秋九月壬午，三殿成，改奉天曰皇极，华盖曰中极，谨身曰建极。冬十月，免南畿、江西被灾税粮。十一月乙酉，分遣御史访求方士、法书。丁亥，逮胡宗宪，寻释之。辛丑，吉能犯宁夏，副总兵王勋战死。己酉，倭陷兴化。是月，延绥总兵官赵岢分部出塞袭寇，败之。免陕西、湖广被灾及福建被寇者税粮。是年，琉球入贡。
四十二年春正月戊申，俺答犯宣府，南掠隆庆。夏四月庚申，倭犯福清，总兵官刘显、俞大猷合兵歼之。丁卯，副总兵戚继光破倭于平海卫。秋八月乙亥，总兵官杨照袭寇于广宁塞外，力战死。冬十月丁卯，辛爱、把都儿破墙子岭入寇，京师戒严，诏诸镇兵入援。戊辰，掠顺义、三河，总兵官孙膑败死。乙亥，大同总兵官姜应熊御寇密云，败之。十一月丁丑，京师解严。是年，琉球入贡。
四十三年春正月壬辰，土蛮黑石炭寇蓟镇，总兵官胡镇、参将白文智御却之。二月己酉，伊王典楧有罪，废为庶人。戊午，倭犯仙游，总兵官戚继光大败之，福建倭平。闰月丙申，盗据漳平，知县魏文瑞死之。三月己未，官军击潮州倭，破之。夏四月乙亥，免畿内被灾税粮。五月壬寅朔，日有食之。乙卯，获桃于御幄，群臣表贺。六月辛卯，倭犯海丰，俞大猷破之。冬十二月，南韶贼起，守备贺铎、指挥蔡胤元被执死之。俺答犯山西，游击梁平、守备祁谋战死。是年，西番、哈密、安南入贡，鲁迷国贡狮子。
四十四年春三月丁巳，赐范应期等进士及第、出身有差。己未，袁炜致仕。辛酉，严世蕃伏诛。是月，土蛮犯辽东，都指挥線补衮、杨维藩战死。夏四月庚辰，吏部尚书严讷、礼部尚书李春芳并兼武英殿大学士，预机务。壬午，俺答犯肃州，总兵官刘承业御却之。六月甲戌，芝生睿宗原庙柱，告庙受贺，遂建玉芝宫。秋八月壬午，获仙药于御座，告庙。冬十一月癸卯，严讷致仕。戊申，奉安献皇帝、后神主于玉芝宫。是年，琉球入贡。
四十五年春二月癸亥，户部主事海瑞上疏，下锦衣卫狱。是月，俞大猷讨广东山贼，大破之。浙江、江西矿贼陷婺源。三月己未，吏部尚书郭朴兼武英殿大学士，礼部尚书高拱兼文渊阁大学士，预机务。夏四月壬戌朔，日有食之。丙戌，俺答犯辽东。六月丙子，旱，亲祷雨于凝道雷轩，越三日雨，群臣表贺。秋七月乙未，俺答犯万全右卫。冬十月丁卯，犯固原，总兵官郭江败死。癸酉，犯偏头关。闰月甲辰，犯大同。参将崔世荣力战死。十一月己未，帝不豫。十二月庚子，大渐，自西苑还乾清宫。是日崩，年六十。遗诏裕王嗣位。隆庆元年正月，上尊谥，庙号世宗，葬永陵。
赞曰：世宗御极之初，力除一切弊政，天下翕然称治。顾迭议大礼，舆论沸腾，幸臣假托，寻兴大狱。夫天性至情，君亲大义，追尊立庙，礼亦宜之；然升祔太庙，而跻于武宗之上，不已过乎！若其时纷纭多故，将疲于边，贼讧于内，而崇尚道教，享祀弗经，营建繁兴，府藏告匮，百余年富庶治平之业，因以渐替。虽剪剔权奸，威柄在御，要亦中材之主也矣。