十三年春正月乙丑，大祀天地于南郊。二月戊子，免山西被灾税粮，庚寅，定问刑条例。乙未，严旌举连坐之法。夏四月，火筛寇大同，游击将军王杲败绩于威远卫。乙巳，平江伯陈锐为靖虏将军，充总兵官，太监金辅监军，户部左侍郎许进提督军务，御之。五月甲寅朔，日有食之。丙辰，召大学士刘健、李东阳、谢迁于平台，议京营将领。癸亥，火筛大举入寇大同左卫，游击将军张俊御却之。六月甲申，免江西被灾秋粮，停山、陕采办物料。庚子，召陈锐、金辅还，保国公朱晖、太监扶安往代，益兵御寇。秋七月己巳，京师地震。八月辛卯，振江西水灾。冬十月戊申，两京地震。是月，小王子诸部寇大同。十二月辛丑，火筛寇大同，南掠百余里。是年，小王子部入居河套，犯延绥神木堡。琉球、土鲁番、乌斯藏入贡。
十四年春正月庚戌朔，陕西地大震。乙未，大祀天地于南郊。二月己亥，罢陕西织造中官。夏四月庚辰，工部侍郎李鐩总督延绥边饷。戊子，保国公朱晖、提督军务都御史史琳、监军太监苗逵分道进师延绥。戊戌，免陕西、山西物料。是月，火筛诸部寇固原。五月庚戌，振大同被兵军民，免税粮。辛酉，免陕西被灾税粮。戊辰，修阙里先师庙。命各布政使司上地里图。秋七月丁未，泰宁卫贼犯辽东，掠长胜诸屯堡。癸亥。南京户部尚书王轼兼左副都御史提督军务，讨贵州贼妇米鲁。丁卯，朱晖、史琳袭小王子于河套。庚午，分遣给事中、御史清理屯田。闰月乙酉，都指挥王泰御小王子于盐池，战死。戊戌，振两畿、江西、山东、河南水灾。八月己酉，免河南被灾税粮。是月，火筛诸部犯固原，大掠韦州、环县、萌城、灵州。己巳，减光禄寺供应，如元年制。火筛诸部犯宁夏东路。九月丙子朔，日有食之。丁亥，遣使募兵于延绥、宁夏、甘、凉。甲辰，召史琳还，起秦纮为户部尚书兼副都御史，代之。冬十一月癸巳，分遣侍郎何鉴、大理寺丞吴一贯振恤两畿、山东、河南饥民。十二月戊辰，辽东大饥，振之。是月，寇出河套。是年，免湖广、江西、山西、山东、陕西、河南、畿内被灾税粮。安南、琉球入贡。
十五年春正月丙子，朱晖帅师还。丙戌，大祀天地于南郊。二月癸丑，免河南被灾税粮。三月癸未，罢饶州督造瓷器中官。庚寅，赐康海等进士及第、出身有差。夏四月壬寅，振京师贫民。五月庚子，免湖广被灾秋粮。秋七月己卯，录刘基后裔世袭指挥使。己丑，王轼破斩米鲁，贵州贼平。辛卯，命各边卫设养济院、漏泽园。八月庚戌，以南京、凤阳霪雨大风，江溢为灾。遣使祭告，敕两京群臣修省。九月庚午朔，日有食之。戊子，放减内府所畜鸟兽。冬十月癸卯，罢明年上元灯火。十一月壬申，琼州黎贼作乱。甲午，罢广东采珠。十二月己酉，《大明会典》成。辛亥，以疾不视朝。是月，免南畿被灾秋粮。是年，琉球、安南入贡。
十六年春正月癸酉，遣官代享太庙。二月辛丑，视朝。戊申，大祀天地于南郊。三月癸巳，免山西被灾税粮。夏四月辛亥，敕宣、大严边备。五月戊子，以云南灾变敕群臣修省。刑部侍郎樊莹巡视云、贵，察官吏，问民疾苦。
秋七月，广东官军讨黎贼，败之。九月丁丑，振两畿、浙江、山东、河南、湖广被灾军民。冬十一月甲戌，罢营造器物及明年上元烟火。是月，免南畿被灾秋粮。十二月丙午，免淮、扬、浙江物料。是年，安南、暹罗、哈密、土鲁番、撒马儿罕入贡。
十七年春正月辛未，南京工部侍郎高铨振应天饥。甲戌，大祀天地于南郊。壬午，严诬告之禁。二月甲寅，减供用物料。己未，严谶纬妖书之禁。庚申，免浙江被灾税粮。三月壬戌，太皇太后崩。癸未，定太庙各室一帝一后之制。夏四月己酉，葬孝肃皇太后。闰月辛酉，阙里先师庙成，遣大学士李东阳祭告。庚午，免山东被灾税粮。乙亥，以四方灾荒敕群臣修省。庚辰，命诸司详议害民弊政。五月壬辰，罢南京、苏、杭织造中宫。六月乙亥，始命两京五品以下官六年一考察。辛巳，召刘健、李东阳于暖阁，议边务。癸未，火筛入大同，指挥郑瑀力战死。秋七月癸巳，工部侍郎李鐩、大理少卿吴一贯、通政司参议便丛兰分道经略边塞。甲午，左副都御史阎仲宇、通政司参议熊伟分理边饷。八月戊辰，命天下抚、按、三司官奏军民利病，土民建言可采者，所司以闻。甲申，免南畿被灾夏税。丁亥，召马文升、戴珊于暖阁，谕以明年考察，务访实迹，以求至当。九月庚寅，谕法司不得任情偏执，致淹狱囚。甲寅，太常少卿孙交经略宣、大边务。丁巳，御暖阁，谕刘健、李东阳、谢迁：“诸边首功，巡按御史察勘，动淹岁年，非所以示劝。自今奏报，以远近立限。违者诘治。”谕讲官进讲直言毋讳。冬十一月戊子，罢云南银场。十二月庚午，申闭籴之禁。甲申，免湖广被灾秋粮。是年，琉球、撒马儿罕、哈密、乌斯藏入贡。
十八年春正月己丑，小王子诸部围灵州，入花马池，遂掠韦州、环县。户部侍郎顾佐理陕西军饷。乙未，大祀天地于南郊。甲辰，小王子陷宁夏清水营。二月戊辰，御奉天门，谕户、兵、工三部曰：“方今生齿渐繁，而户口、军伍日就耗损，此皆官司抚恤无方、因仍苟且所致。其悉议弊政以闻。”三月癸卯，赐顾鼎臣等进士及第、出身有差。夏四月戊寅，刑部侍郎何鉴抚辑荆、襄流民。甲申，帝不豫。五月庚寅，大渐，召大学士刘健、李东阳、谢迁受顾命。辛卯，崩于乾清宫，年三十有六。六月庚申，上尊谥，庙号孝宗，葬泰陵。
赞曰：明有天下，传世十六，太祖、成祖而外，可称者仁宗、宣宗、孝宗而已。仁、宣之际，国势初张，纲纪修立，淳朴未漓。至成化以来，号为太平无事，而晏安则易耽怠玩，富盛则渐启骄奢。孝宗独能恭俭有制，勤政爱民，兢兢于保泰持盈之道，用使朝序清宁，民物康阜。《易》曰：“无平不陂，无往不复，艰贞无咎。”知此道者，其惟孝宗乎！