冬十月丁巳，真定诸将遣兵援房昭，及燕王战于齐眉山，败绩。十一月壬辰，辽东总兵官杨文攻永平，及刘江战于昌黎，败绩。己亥，平安败燕将李彬于杨村。十二月癸亥，燕兵焚真定军储。诏中官奉使侵暴吏民者，所在有司系治。是月，驸马都尉梅殷镇淮安。《太祖实录》成。
四年春正月甲申，召故周王橚于蒙化，居之京师。燕兵连陷东阿、东平、汶上、兖州、济阳，东平吏目郑华，济阳教谕王省皆死之。甲申，魏国公徐辉祖帅师援山东。燕兵陷沛县，知县颜伯玮、主簿唐子清、典史黄谦死之。癸丑，薄徐州。二月甲寅，都督何福及陈晖、平安军济宁，盛庸军淮上。己卯，更定品官勋阶。三月，燕兵攻宿州，平安追及于淝河，斩其将王真，遇伏败绩，宿州陷。
夏四月丁卯，何福、平安败燕兵于小河，斩其将陈文。甲戌，徐辉祖等败燕兵于齐眉山，斩其将李斌，燕兵惧，谋北归。会帝闻讹言，谓燕兵已北，召辉祖还，何福军亦孤。庚辰，诸将及燕兵大战于灵璧，败绩，陈晖、平安、礼部侍郎陈性善、大理寺卿彭与明皆被执。五月癸未，杨文帅辽东兵赴济南，溃于直沾。己丑，盛庸军溃于淮上，燕兵渡淮，趋扬州。指挥王礼等叛降燕，御史王彬、指挥崇刚死之。辛丑，燕兵至六合，诸军迎战，败绩。壬寅，诏天下勤王，遣御史大夫练子宁、侍郎黄观、修撰王叔英分道徵兵。召齐泰、黄子澄还。苏州知府姚善、宁波知府王琎、徽州知府陈彦回、乐平知县张彦方各起兵入卫。甲辰，遣庆成郡主如燕师，议割地罢兵。
六月癸丑，盛庸帅舟师败燕兵于浦子口，复战不利。都督佥事陈瑄以舟师叛附于燕。乙卯，燕兵渡江，盛庸战于高资港，败绩。戊午，镇江守将童俊叛降燕。庚申，燕兵至龙潭。辛酉，命诸王分守都城，遣李景隆及兵部尚书茹瑺、都督王佐如燕军，申前约。壬戌，复遣谷王橞、安王楹往。皆不听。甲子，遣使齐蜡书四出，促勤王兵。乙丑，燕兵犯金川门，左都督徐增寿谋内应，伏诛。谷王橞及李景隆叛，纳燕兵，都城陷。宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。
或云帝由地道出亡。正统五年。有僧自云南至广西，诡称建文皇帝。恩恩知府岑瑛闻于朝。按问，乃钧州人杨行祥，年已九十余，下狱，阅四月死。同谋僧十二人，皆戍辽东。自后滇、黔、巴、蜀间，相传有帝为僧时往来迹。正德、万历、崇祯间，诸臣请续封帝后，及加庙谥，皆下部议，不果行。大清乾隆元年，诏廷臣集议，追谥曰恭闵惠皇帝。
赞曰：惠帝天资仁厚。践阼之初，亲贤好学，召用方孝孺等。典章制度，锐意复古。尝因病晏朝，尹昌隆进谏，即深自引咎，宣其疏于中外。又除军卫单丁，减苏、松重赋，皆惠民之大者。乃革命而后，纪年复称洪武，嗣是子孙臣庶以纪载为嫌，草野传疑，不无讹谬。更越圣朝，得经论定，尊名壹惠，君德用彰，懿哉。